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万見
- PDB-1zb1: Structure basis for endosomal targeting by the Bro1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zb1
タイトルStructure basis for endosomal targeting by the Bro1 domain
要素BRO1 protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Bro1 / Aip1 / Bro1 domain / Snf7 / Trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / intralumenal vesicle formation / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ATP export / protein localization to endosome / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / vacuolar transport / deubiquitinase activator activity / protein deubiquitination / response to nutrient ...positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / intralumenal vesicle formation / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ATP export / protein localization to endosome / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / vacuolar transport / deubiquitinase activator activity / protein deubiquitination / response to nutrient / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / endosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
alix/aip1 like domains / ALIX V-shaped domain / ALIX V-shaped domain binding to HIV / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain / BRO1 domain profile. / BRO1-like domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar-sorting protein BRO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kim, J. / Sitaraman, S. / Hierro, A. / Beach, B.M. / Odorizzi, G. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2005
タイトル: Structural basis for endosomal targeting by the Bro1 domain.
著者: Kim, J. / Sitaraman, S. / Hierro, A. / Beach, B.M. / Odorizzi, G. / Hurley, J.H.
履歴
登録2005年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRO1 protein
B: BRO1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2152
ポリマ－91,2152
非ポリマー00
水8,071448
1
A: BRO1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6081
ポリマ－45,6081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BRO1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6081
ポリマ－45,6081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.445, 58.274, 120.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BRO1 protein


分子量: 45607.578 Da / 分子数: 2 / 断片: Bro1 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pGST-parallel2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: P48582
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: PEG 3350, tri-potassium citrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9796,0.9790,0.9720
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.9791
30.9721
反射解像度: 1.95→40.3 Å / Num. all: 72861 / Num. obs: 77077
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→40.26 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数
Rfree0.252 7245
Rwork0.224 -
all-71482
obs-71482
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6042 0 0 448 6490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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