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- PDB-1zag: HUMAN ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zag
タイトルHUMAN ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN
要素PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
キーワードLIPID MOBILIZATION FACTOR / SECRETED MHC CLASS I HOMOLOG
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / protein transmembrane transporter activity / RNA nuclease activity / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / immune response / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / extracellular space ...Miscellaneous transport and binding events / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / protein transmembrane transporter activity / RNA nuclease activity / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / immune response / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc-alpha-2-glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chirino, A.J. / Sanchez, L.M. / Bjorkman, P.J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of human ZAG, a fat-depleting factor related to MHC molecules.
著者: Sanchez, L.M. / Chirino, A.J. / Bjorkman, P.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Biochemical characterization and crystalization of human Zn-alpha2-glycoprotein, a soluble class I major histocompatibility complex homolog.
著者: Sanchez, L.M. / Lopez-Otin, C. / Bjorkman, P.J.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Complete amino acid sequence of human plasma Zn-alpha 2-glycoprotein and its homology to histocompatibility antigens.
著者: Araki, T. / Gejyo, F. / Takagaki, K. / Haupt, H. / Schwick, H.G. / Burgi, W. / Marti, T. / Schaller, J. / Rickli, E. / Brossmer, R.
履歴
登録1999年2月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年10月30日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _citation.page_last ..._chem_comp.type / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
B: PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
C: PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
D: PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,60616
ポリマ－126,7384
非ポリマー5,86812
水724
1
A: PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4444
ポリマ－31,6841
非ポリマー1,7603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8974
ポリマ－31,6841
非ポリマー2,2133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5514
ポリマ－31,6841
非ポリマー8673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7134
ポリマ－31,6841
非ポリマー1,0293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.600, 131.700, 118.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.163668, 0.986411, -0.014382), (0.985991, -0.164039, -0.030225), (-0.032174, -0.009233, -0.99944)-80.321, 102.344, 161.80299
2given(0.094438, -0.473364, 0.87579), (0.974109, 0.22545, 0.016816), (-0.205407, 0.851527, 0.482399)-35.643, 58.035, -45.192
3given(0.978838, 0.145654, 0.143741), (-0.05323, -0.497012, 0.866109), (0.197594, -0.855432, -0.478741)-28.718, 52.045, 52.045
4given(0.181873, 0.982196, -0.047045), (0.982631, -0.18333, -0.028744), (-0.036857, -0.041, -0.998479)-76.6, 103.893, 165.08099
5given(-0.050255, -0.31941, 0.946283), (0.98123, 0.160833, 0.106399), (-0.186179, 0.933868, 0.305332)-54.278, 52.085, -31.528
6given(0.95691, 0.180068, 0.227814), (-0.161448, -0.322184, 0.932808), (0.241367, -0.929394, -0.27923)-42.122, 30.467, 185.095

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要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
PROTEIN (ZINC-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN) / ZN-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN / ZAG


分子量: 31684.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: SERUM / 参照: UniProt: P25311
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 5種, 12分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / ZN-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN / ZAG


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1317.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / ZN-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN / ZAG


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1770.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1_h6-i2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / ZN-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN / ZAG


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / ZN-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN / ZAG


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / ZN-ALPHA-2-GLYCOPROTEIN / ZAG / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

非ポリマーの詳細NO ATTEMPT HAS BEEN MADE TO MODEL OR OTHERWISE TAKE THE UNKNOWN LIGAND'S DENSITY INTO ACCOUNT ...NO ATTEMPT HAS BEEN MADE TO MODEL OR OTHERWISE TAKE THE UNKNOWN LIGAND'S DENSITY INTO ACCOUNT DURING REFINEMENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化pH: 5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD WITH 30% POLYETHYLENE GLYCOL 2000 MONOMETHYLETHER, 0.2M AMMONIUM ACETATE, AND 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER (PH 5.0)
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Sanchez, L.M., (1997) Proc.Nat.Acad.Sci.USA, 94, 4626.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
30.02 %1dropNaN3
430 %(w/v)mPEG20001reservoir
50.2 Mammonium acetate1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 39365 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 75.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS0.4精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 10000000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1970 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs-39118 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15.15 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.84 Å20 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3---6.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8864 0 388 4 9256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it5.38
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it8.07
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it8.35
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it11.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 2 / Weight position: 300

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
11RESTRAINTS8.3450.038
228.5550.035
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 163 5.3 %
Rwork0.396 2912 -
obs--75.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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