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- PDB-1za3: The crystal structure of the YSd1 Fab bound to DR5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1za3
タイトルThe crystal structure of the YSd1 Fab bound to DR5
要素
  • Fab-YSd1 heavy chain
  • Fab-YSd1 light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
キーワードIMMUNE SYSTEM/SIGNALING PROTEIN / phage display / protein engineering / combinatorial mutagenesis / antibody library / death receptor-5 / IMMUNE SYSTEM-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / defense response to tumor cell / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to endoplasmic reticulum stress / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. ...Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Fellouse, F.A. / Li, B. / Compaan, D.M. / Peden, A.A. / Hymowitz, S.G. / Sidhu, S.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Molecular recognition by a binary code.
著者: Fellouse, F.A. / Li, B. / Compaan, D.M. / Peden, A.A. / Hymowitz, S.G. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2005年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32014年2月5日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The heavy and light chain Fab fragments were isolated from a phage library, and have no ...SEQUENCE The heavy and light chain Fab fragments were isolated from a phage library, and have no corresponding entries in the standard databases.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab-YSd1 light chain
B: Fab-YSd1 heavy chain
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
L: Fab-YSd1 light chain
H: Fab-YSd1 heavy chain
S: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7436
ポリマ－126,7436
非ポリマー00
水00
1
A: Fab-YSd1 light chain
B: Fab-YSd1 heavy chain
S: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3713
ポリマ－63,3713
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
L: Fab-YSd1 light chain
H: Fab-YSd1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3713
ポリマ－63,3713
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.059, 147.059, 144.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21L
31A
41L
12B
22H
32B
42H
13R
23S

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPVALVALAA1 - 1091 - 109
211ASPASPVALVALLD1 - 1091 - 109
321ALAALACYSCYSAA110 - 213110 - 213
421ALAALACYSCYSLD110 - 213110 - 213
112GLUGLUSERSERBB1 - 1131 - 129
212GLUGLUSERSERHE1 - 1131 - 129
322ALAALALYSLYSBB114 - 214130 - 230
422ALAALALYSLYSHE114 - 214130 - 230
113SERSERCYSCYSRC22 - 8626 - 90
213SERSERCYSCYSSF22 - 8626 - 90

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 Fab-YSd1 light chain


分子量: 23148.602 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab light chain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Light chain was selected from a phage library based on human kappa light chain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab-YSd1 heavy chain


分子量: 25230.965 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab heavy chain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Heavy chain was selected from a phage library based on human heavy chain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B / Death receptor 5 / TNF-related apoptosis-inducing ligand receptor 2 / TRAIL receptor-2 / TRAIL-R2 / DR5


分子量: 14991.793 Da / 分子数: 2 / 断片: Extra-cellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DR5 / プラスミド: pAcGP67-B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: O14763
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 20% PEG 8000, 0.2M MgAcetate, 0.1M NaCacodylate pH 6.2-6.6, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.92086 / 波長: 0.92086 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月14日
放射モノクロメーター: double crystal sagittally focused monochromoeter
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92086 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. all: 26539 / Num. obs: 26539 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2582 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVE variants

1fve


解像度: 3.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.777 / SU B: 27.186 / SU ML: 0.456 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R Free: 0.573 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28028 2603 10 %RANDOM
Rwork0.22408 ---
all0.22975 26539 --
obs0.22975 26003 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.287 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å2-0.6 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8149 0 0 0 8149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0218237
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.9511217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.899316420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4851045
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.28196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.25359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2750.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1522.55249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.66658485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4912.52988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.93252732
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1254medium positional1.260.5
21B1311medium positional1.770.5
33R381medium positional0.20.5
11A1798loose positional1.435
21B1859loose positional1.935
33R534loose positional0.685
11A1254medium thermal0.622
21B1311medium thermal0.632
33R381medium thermal0.642
11A1798loose thermal1.4210
21B1859loose thermal1.510
33R534loose thermal2.4210
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.418 Å / Total num. of bins used: 25 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 145
Rwork0.232 1350
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7184-1.76231.07565.59582.55894.8503-0.0739-0.3625-0.1619-0.0679-0.05570.35930.3556-0.26740.12950.6789-0.04250.01070.8021-0.26140.622238.142656.914539.7317
212.0818-0.54161.17223.98712.04294.53440.09380.1464-0.1677-0.4343-0.2663-0.045-0.2173-0.33760.17250.84770.03750.01850.5102-0.11890.623240.853243.500221.9088
310.65463.30895.58635.29233.86519.2896-0.3198-0.50170.9107-0.6519-0.17060.8432-0.1072-0.76530.49040.84160.2468-0.33120.8518-0.33330.90715.358165.554726.0365
45.55890.11011.224611.89250.69417.8794-0.79741.23991.04-0.95170.646-0.0201-1.21220.43520.15140.86420.0015-0.39981.1119-0.1910.857416.391163.638813.9699
57.7881-0.7099-1.3695.27160.27779.66670.216-0.29210.5020.6007-0.01060.10570.2932-0.135-0.20540.6219-0.0042-0.04970.7338-0.26410.617-26.901551.4519-2.2203
64.9923-0.21362.43365.02620.35639.6666-0.1327-0.34890.30540.23520.2934-0.40690.38790.4834-0.16070.53470.0104-0.00050.7451-0.17070.784-6.767446.8311-11.0679
724.8239-2.24398.22612.8957-1.62269.83980.6544-3.5063-1.15120.7132-0.2663-0.48730.3295-0.4808-0.38811.1954-0.284-0.1651.64040.33710.8599-13.18943.857230.3005
827.10758.1352-4.21719.3622-4.06646.78780.0554-0.9486-5.76370.6350.1344-0.56111.73040.0695-0.18971.33660.006-0.44811.1030.1152.3951-8.338631.035421.5542
912.33674.87853.62454.4531.58932.99050.1215-1.04110.8238-0.1397-0.41230.2601-0.2426-0.26150.29080.1313-0.05050.09670.129-0.05480.1932-11.661567.2178-22.6713
107.01636.93641.049811.76440.15372.92670.2997-0.3219-0.01461.0815-0.3678-0.0053-0.23980.00930.06810.24160.03640.12910.0945-0.10680.287953.883831.079637.4982
11105.5975-45.619719.391513.818-22.644549.7826-3.1624-3.69490.90333.81571.0595-1.4331-4.11751.21872.10291.3159-0.17680.02511.3783-0.53480.879811.451377.2524-6.7575
1255.588120.970322.142822.934917.82341.98040.81660.8027-0.2582-0.71440.45741.3963-0.3488-1.6305-1.2740.7265-0.20370.2440.99040.09360.813227.054110.155129.8876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1091 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1151 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3AA110 - 213110 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4BB116 - 214132 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5LD1 - 1091 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6HE1 - 1151 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7LD110 - 213110 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8HE116 - 214132 - 230
9X-RAY DIFFRACTION9RC22 - 8626 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10SF22 - 8626 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11RC87 - 12391 - 127
12X-RAY DIFFRACTION12SF87 - 12691 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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