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- PDB-1za0: X-ray structure of putative acyl-ACP desaturase DesA2 from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1za0
タイトルX-ray structure of putative acyl-ACP desaturase DesA2 from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素POSSIBLE ACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] DESATURASE DESA2 (ACYL-[ACP] DESATURASE) (STEAROYL-ACP DESATURASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / desaturase / four-helix bundle / metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2電子酸化により分子状酸素が還元され二分子の水分子になる / stearoyl-[ACP] desaturase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase DesA2 / Putative acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase DesA2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dyer, H.D. / Lyle, K.S. / Rayment, I. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of putative acyl-ACP desaturase DesA2 from Mycobacterium tuberculosis H37Rv.
著者: Dyer, D.H. / Lyle, K.S. / Rayment, I. / Fox, B.G.
履歴
登録2005年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POSSIBLE ACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] DESATURASE DESA2 (ACYL-[ACP] DESATURASE) (STEAROYL-ACP DESATURASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5133
ポリマ－31,3961
非ポリマー1172
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: POSSIBLE ACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] DESATURASE DESA2 (ACYL-[ACP] DESATURASE) (STEAROYL-ACP DESATURASE)
ヘテロ分子

A: POSSIBLE ACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] DESATURASE DESA2 (ACYL-[ACP] DESATURASE) (STEAROYL-ACP DESATURASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0276
ポリマ－62,7932
非ポリマー2344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area4130 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.1, 66.1, 292.0
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 POSSIBLE ACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] DESATURASE DESA2 (ACYL-[ACP] DESATURASE) (STEAROYL-ACP DESATURASE)


分子量: 31396.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: DesA2 / プラスミド: pDEST-14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O53442, UniProt: P9WNZ5*PLUS, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Before crystallization trials, DesA2 was dialyzed in a Slide-ALyzer dialysis cassette (Pierce) in 25 mM HEPES, pH 7.0 containing 25 mM NaCl for 20h at 4degC. Crystals of DesA2 were grown by ...詳細: Before crystallization trials, DesA2 was dialyzed in a Slide-ALyzer dialysis cassette (Pierce) in 25 mM HEPES, pH 7.0 containing 25 mM NaCl for 20h at 4degC. Crystals of DesA2 were grown by the method of hanging drop vapor diffusion at room temperature.Typically, 2 mL of DesA2 at 10 mg/mL was combined with an equal volume of 17% methyl ether polyethylene glycol, 10 mM MnCl2, 20 mM Bis Tris propane, pH 7.0, and 30 mM sodium acetate, pH4.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.3 Å / Num. all: 26704 / Num. obs: 25065 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 75.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.426 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23653 1305 5.1 %RANDOM
Rwork0.20602 ---
all0.20754 24420 --
obs0.20754 24420 96.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.74 Å20.87 Å20 Å2
2--1.74 Å20 Å2
3----2.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 5 107 2022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211962
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.9322675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9734056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4395239
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.21967
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2870.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1681.51203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.01721928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9953759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6794.5747
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.299 50
Rwork0.252 1208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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