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- PDB-1z8h: CRYSTAL STRUCTURE OF a GDSL-like lipase (ALR1529) FROM NOSTOC SP.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z8h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a GDSL-like lipase (ALR1529) FROM NOSTOC SP. PCC 7120 AT 2.02 A RESOLUTION
要素Putative lipase from the G-D-S-L family
キーワードHYDROLASE / PUTATIVE LIPASE FROM THE G-D-S-L FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


Isoamyl acetate-hydrolyzing esterase Iah1-like / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Unknown ligand / Alr1529 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative lipase from the G-D-S-L family (17135349) from Nostoc sp. PCC 7120 at 2.02 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative lipase from the G-D-S-L family
B: Putative lipase from the G-D-S-L family
C: Putative lipase from the G-D-S-L family
D: Putative lipase from the G-D-S-L family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,08911
ポリマ－100,9094
非ポリマー1807
水14,754819
1
A: Putative lipase from the G-D-S-L family
B: Putative lipase from the G-D-S-L family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5756
ポリマ－50,4542
非ポリマー1204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
2
C: Putative lipase from the G-D-S-L family
D: Putative lipase from the G-D-S-L family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5145
ポリマ－50,4542
非ポリマー603
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area16580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.504, 69.806, 211.028
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LYSLYSAA6 - 20218 - 214
2THRTHRBB7 - 20219 - 214
3LYSLYSCC6 - 20218 - 214
4LYSLYSDD6 - 20218 - 214

-
要素

#1: タンパク質
Putative lipase from the G-D-S-L family


分子量: 25227.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr1529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YWS4
#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 10% NP_Isopropanol, 0.06M HEPES, 0.04M HEPES_Na, 12% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9787, 1.0332,0.9784
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月31日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
21.03321
30.97841
反射解像度: 2.02→49.55 Å / Num. obs: 62663 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 31.55 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 26.76
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 7.85 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 5908 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 95.27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.02→49.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.978 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.142
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THIS PROTEIN CONSISTS OF A CONSERVED SER-HIS-ASP (17-182-179) TRIAD. AN UNKNOWN INTERMEDIATE WAS OBSERVED ON SER 17. WILD TYPE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THIS PROTEIN CONSISTS OF A CONSERVED SER-HIS-ASP (17-182-179) TRIAD. AN UNKNOWN INTERMEDIATE WAS OBSERVED ON SER 17. WILD TYPE STRUCTURE FOR THIS PROTEIN IS ALSO DEPOSITED AS PDB ENTRY 1VJG.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19469 3162 5.1 %RANDOM
Rwork0.15466 ---
obs0.1567 59429 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2--2.08 Å20 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6401 0 36 819 7256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9539166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.867313975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.095814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85624.072334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.678151097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5181551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.26381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0471.54124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2341.51633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41926578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27732984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3094.52581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.23334
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1940.22
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2810 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.545
2Bloose positional0.545
3Cloose positional0.645
4Dloose positional0.615
1Aloose thermal3.9510
2Bloose thermal2.9110
3Cloose thermal2.9210
4Dloose thermal3.0310
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.074 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 198 4.63 %
Rwork0.174 4082 -
obs--92.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1411-0.0695-0.18550.7273-0.05211.14710.0654-0.04730.0301-0.00860.00840.0213-0.1138-0.0191-0.0738-0.0745-0.00460.0205-0.0415-0.0181-0.069549.877322.8515202.7828
21.243-0.0615-0.63791.4767-0.24151.980.1689-0.02730.255-0.027-0.0135-0.0628-0.51230.191-0.15540.0661-0.06430.0725-0.0831-0.016-0.027362.124140.1234185.2614
30.8189-0.1505-0.07861.09620.41771.4048-0.02610.0078-0.0242-0.0009-0.0019-0.09510.13230.16070.0281-0.0385-0.01290.02-0.0663-0.0158-0.033767.20833.8616168.522
41.806-0.0071-0.53591.23640.06151.0259-0.13140.345-0.0477-0.13680.09220.12860.0857-0.33790.0392-0.0644-0.0938-0.030.0433-0.0293-0.068139.72016.8931167.2047
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 20617 - 218
22BB7 - 20519 - 217
33CC6 - 20518 - 217
44DD6 - 20618 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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