PDB-1z6t: Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z6t

タイトル

Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP

要素

Apoptotic protease activating factor 1

キーワード

APOPTOSIS / Apaf-1 / caspase activation / ADP / nucleotide binding / CARD

機能・相同性

機能・相同性情報

response to G1 DNA damage checkpoint signaling / : / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Formation of apoptosome / apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Riedl, S.J. / Li, W. / Chao, Y. / Schwarzenbacher, R. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP
著者: Riedl, S.J. / Li, W. / Chao, Y. / Schwarzenbacher, R. / Shi, Y.

履歴

登録	2005年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb1z6t.ent.gz	393 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	1z6t_full_validation.pdf.gz	642.4 KB	表示
XML形式データ	1z6t_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	1z6t_validation.cif.gz	74.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5o96-1 5o95-1 5o96-3 5o96-2 5o95-2 4yfu-1 5nzm-d 4dqp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (20) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (10) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (5) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

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#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (20)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (10)
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レグマイン (Legumain)
類似性 (5)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Apoptotic protease activating factor 1

B: Apoptotic protease activating factor 1

C: Apoptotic protease activating factor 1

D: Apoptotic protease activating factor 1

ヘテロ分子

273 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Apoptotic protease activating factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Apoptotic protease activating factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Apoptotic protease activating factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Apoptotic protease activating factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.955, 92.883, 94.988
Angle α, β, γ (deg.)	62.96, 89.99, 90.05
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	PHE	PHE	A	A	106 - 350	106 - 350
2	1	ILE	ILE	PHE	PHE	B	B	106 - 350	106 - 350
3	1	ILE	ILE	PHE	PHE	C	C	106 - 350	106 - 350
4	1	ILE	ILE	PHE	PHE	D	D	106 - 350	106 - 350
5	2	ASP	ASP	GLN	GLN	A	A	360 - 586	360 - 586
6	2	ASP	ASP	GLN	GLN	B	B	360 - 586	360 - 586
7	2	ASP	ASP	GLN	GLN	C	C	360 - 586	360 - 586
8	2	ASP	ASP	GLN	GLN	D	D	360 - 586	360 - 586

#1: タンパク質	Apoptotic protease activating factor 1 / Apaf-1 分子量: 67855.008 Da / 分子数: 4 / 断片: Apaf-1, residues 1-591 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-29b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14727
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 276 K / pH: 7.1 詳細: HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	A1	1	0.954
シンクロトロン	CHESS	A1	2		1.0088, 0.9500, 1.0053

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月1日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	X25	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.954	1
2	1.0088	1
3	0.95	1
4	1.0053	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 103300 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.048 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

解像度: 2.21→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.267 / % possible all: 48.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.21→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS UNACCOUNTED DENSITY NEXT TO CYSTEINES A115, A450; B115,B450;C115,C450;D115,D450;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	5211	5.1 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.192	97722	89.2 %	-
all	-	102933	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0.13 Å²	0.77 Å²
2-	-	0.4 Å²	-0.45 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18752	0	108	803	19663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	19376
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	17608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	1.977	26160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.872	3	41224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.191	5	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.382	24.73	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.481	15	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.503	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	21084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3716
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	17362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	9294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	10713
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.23	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.277	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.261	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.306	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.19	3	15178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.239	3	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.682	5	18904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.687	8	9001
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.432	11	7256
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2792	tight positional	0.05	0.05
2	B	2792	tight positional	0.05	0.05
3	C	2792	tight positional	0.05	0.05
4	D	2792	tight positional	0.05	0.05
1	A	4583	medium positional	0.46	0.5
2	B	4583	medium positional	0.46	0.5
3	C	4583	medium positional	0.42	0.5
4	D	4583	medium positional	0.51	0.5
1	A	2792	tight thermal	0.13	0.5
2	B	2792	tight thermal	0.13	0.5
3	C	2792	tight thermal	0.13	0.5
4	D	2792	tight thermal	0.13	0.5
1	A	4583	medium thermal	0.72	2
2	B	4583	medium thermal	0.71	2
3	C	4583	medium thermal	0.73	2
4	D	4583	medium thermal	0.72	2

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.27 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	197	-
R_work	0.243	3661	-
obs	-	-	46.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7802	0.153	-0.3697	0.633	-0.0018	0.4692	-0.024	0.0069	-0.0922	0.0383	-0.0563	-0.0367	0.0715	-0.0575	0.0803	-0.0753	-0.0153	-0.05	0.0163	0.0085	-0.1035	-6.412	39.217	84.205
2	1.4446	0.5696	-0.544	1.0327	-0.0899	0.4451	-0.0417	-0.0106	0.0104	-0.0531	-0.0019	-0.1254	0.0268	0.0382	0.0436	-0.1076	-0.0254	-0.0856	-0.023	0.0332	-0.16	-6.009	62.51	40.844
3	1.3781	-0.5424	0.4549	1.083	-0.1309	0.3923	-0.054	0.0054	-0.0195	0.0542	-0.0003	-0.132	-0.0274	0.047	0.0544	-0.0943	-0.0476	-0.0129	-0.0198	0.0346	-0.1571	31.924	106.739	41.546
4	1.017	-0.2051	0.4061	0.8192	0.0143	0.5922	-0.0343	-0.0123	0.1344	-0.0395	-0.0782	-0.0303	-0.0953	-0.0737	0.1126	-0.0923	-0.0595	-0.0376	-0.0025	0.0129	-0.1297	31.529	80.33	82.789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 94	1 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	105 - 586	105 - 586
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 103	1 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	104 - 586	104 - 586
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 103	1 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	104 - 586	104 - 586
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 94	1 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	105 - 586	105 - 586

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)