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- PDB-1z63: Sulfolobus solfataricus SWI2/SNF2 ATPase core in complex with dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z63
タイトルSulfolobus solfataricus SWI2/SNF2 ATPase core in complex with dsDNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*A*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • Helicase of the snf2/rad54 family
キーワードHYDROLASE/DNA complex / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA conformation change / nucleosome array spacer activity / helicase activity / hydrolase activity / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Helicase SWF/SNF-related / SNF2 Helicase protein / SWI2/SNF2 ATPases, N-terminal domain / Tandem AAA-ATPase domain / : / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Helicase SWF/SNF-related / SNF2 Helicase protein / SWI2/SNF2 ATPases, N-terminal domain / Tandem AAA-ATPase domain / : / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Helicase of the snf2/rad54 family (Carboxy end), hypothetical / Helicase of the snf2/rad54 family (Amino end), hypothetical
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Duerr, H. / Koerner, C. / Mueller, M. / Hickmann, V. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: X-ray structures of the Sulfolobus solfataricus SWI2/SNF2 ATPase core and its complex with DNA.
著者: Durr, H. / Korner, C. / Muller, M. / Hickmann, V. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2005年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Experimental preparation
改定 1.42017年8月23日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*A*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*A*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: Helicase of the snf2/rad54 family
B: Helicase of the snf2/rad54 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,9226
ポリマ－145,9226
非ポリマー00
水00
1
C: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*A*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: Helicase of the snf2/rad54 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9613
ポリマ－72,9613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*A*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
B: Helicase of the snf2/rad54 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9613
ポリマ－72,9613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.931, 83.737, 106.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*A*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量: 7759.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 7592.886 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Helicase of the snf2/rad54 family


分子量: 57609.016 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 407-902 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97XQ5, UniProt: Q97XQ7*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, Magnesiumformate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG335011
2Magnesiumformate11
3PEG335012
4Magnesiumformate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 52560 / Num. obs: 52560 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / % possible all: 72.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.281 1401 random
Rwork0.233 --
obs0.233 28481 -
all-28897 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7568 1586 0 0 9154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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