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万見
- PDB-1z31: The structure of an enzyme-activating fragment of human telomerase RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z31
タイトルThe structure of an enzyme-activating fragment of human telomerase RNA
要素human telomerase PJ6 hairpin
キーワードRNA / asymmetric internal bulge / residual dipolar couplings / telomerase protein binding site
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Leeper, T.C. / Varani, G.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2005
タイトル: The structure of an enzyme-activating fragment of human telomerase RNA.
著者: Leeper, T.C. / Varani, G.
履歴
登録2005年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human telomerase PJ6 hairpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1831
ポリマ－10,1831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 human telomerase PJ6 hairpin


分子量: 10183.078 Da / 分子数: 1 / 断片: human telomerase RNA / 由来タイプ: 合成
詳細: T7 RNA polymerase in vitro transcription from DNA oligonucleotide template

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
2322D NOESY
1433D 13C-separated NOESY
2543D 13C-separated NOESY
165IPAP-HSQC
173HCP triple resonance
1833D 13C-31P HETCOR
1933D 13C TOCSY-HSQC
2104HNN-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1PJ6 1 mM unlabeled; 10 mM sodium phoshate, pH 6.0, 100% D2O100% D2O
2PJ6 1 mM unlabeled; 10 mM sodium phoshate, pH 6.0, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
3PJ6 0.6 mM U-15N,13C; 10 mM sodium phoshate, pH 6.0, 100% D2O100% D2O
4PJ6 0.6 mM U-15N,13C; 10 mM sodium phoshate, pH 6.0, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
5PJ6 0.6 mM U-15N,13C; 10 mM sodium succinate, pH 6.0, 18 mg/ml Pf1 bacteriaphage, 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM 6 1 atm298 K
210 mM 6 1 atm277 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3collection
NMRPipe2.3Delaglio解析
X-PLOR2.9.4Brunger and Clore構造決定
Sparky3.11Goddard and Knellerデータ解析
X-PLOR2.9.4Brunger and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 726 total restraints, 429 NOE-derived restraints, 159 dihedral restraints, 65 residual dipolar coupling restraints, 62 hydrogen bonds, and 11 weak planarity restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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