PDB-1z2w: Crystal structure of mouse Vps29 complexed with Mn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z2w

タイトル

Crystal structure of mouse Vps29 complexed with Mn2+

要素

Vacuolar protein sorting 29

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Vps29 / retromer / phosphatase / manganese

機能・相同性

機能・相同性情報

WNT ligand biogenesis and trafficking / retromer, cargo-selective complex / Golgi to vacuole transport / retromer complex / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / protein transport / endosome membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Collins, B.M. / Skinner, C.F. / Watson, P.J. / Seaman, M.N.J. / Owen, D.J.

引用

ジャーナル: NAT.STRUCT.MOL.BIOL. / 年: 2005
タイトル: Vps29 has a phosphoesterase fold that acts as a protein interaction scaffold for retromer assembly
著者: Collins, B.M. / Skinner, C.F. / Watson, P.J. / Seaman, M.N.J. / Owen, D.J.

履歴

登録	2005年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z2w.cif.gz	94.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z2w.ent.gz	71.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z2w_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z2w_full_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示
XML形式データ	1z2w_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	1z2w_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z2xSC 1s3m 1s3n S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3psn-2 2g0b-4 1z2x-1 2akp-1 3g7e-d 6vih-3 3hsj-d 4hz5-1 2g0b-5 5quh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vacuolar protein sorting 29

B: Vacuolar protein sorting 29

ヘテロ分子

43.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Vacuolar protein sorting 29

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Vacuolar protein sorting 29

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.914, 68.953, 60.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Biological unit is beleived to be monomer

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting 29 / Vesicle protein sorting 29 / Vps29 分子量: 21626.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vps29 / プラスミド: pGEX4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: Q9QZ88
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 0.2M NaCl, 20% PEG3000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→57 Å / Num. obs: 30024 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.525 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Z2X

1z2x

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 4.16 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23742	1486	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17619	-	-	-
obs	0.17939	27724	97.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.858 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	-1.93 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2892	0	34	316	3242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.021	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.134	1.959	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.073	3	6349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.664	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.238	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.261	0.2	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.284	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.306	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.322	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.432	1.5	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.58	2	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.459	3	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.427	4.5	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.308	110
R_work	0.232	1865

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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