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- PDB-1z2n: Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase complexed Mg2+/ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z2n
タイトルInositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase complexed Mg2+/ADP
要素inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Inositol phosphate kinase / ATP-grasp
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / inositol-1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase / inositol tetrakisphosphate 1-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 5-kinase activity / inositol trisphosphate metabolic process / isomerase activity / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #220 / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase domain / : / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase, preATP-grasp domain / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase, ATP-grasp domain / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase ATP-grasp domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. ...Dna Ligase; domain 1 - #220 / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase domain / : / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase, preATP-grasp domain / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase, ATP-grasp domain / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase ATP-grasp domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Miller, G.J. / Wilson, M.P. / Majerus, P.W. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Specificity determinants in inositol polyphosphate synthesis: crystal structure of inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase.
著者: Miller, G.J. / Wilson, M.P. / Majerus, P.W. / Hurley, J.H.
履歴
登録2005年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3883
ポリマ－36,9361
非ポリマー4522
水9,944552
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.359, 94.267, 47.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase


分子量: 36936.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / プラスミド: pGEX-3T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9XYQ1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 278 K / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M bis-tris, 10 mM DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K, pH 5.50

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
21
31
1,2,31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-211
シンクロトロンNSLS X2520.9687,1.0095,1.007,1.008
シンクロトロンALS 8.2.131.8997,1.8453
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD
ADSC QUANTUM 2103CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.96871
31.00951
41.0071
51.0081
61.89971
71.84531
反射解像度: 1.2→47 Å / Num. all: 91950 / Num. obs: 91950 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル解像度: 1.2→1.3 Å / 冗長度: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.246

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→47 Å / SU B: 0.722 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 4408 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 83625 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.42 Å2 / Baniso 11: -0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2504 0 28 552 3084
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 321 -
Rwork0.213 6200 -
obs--99.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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