PDB-1z2e: Solution Structure of Bacillus subtilis ArsC in oxidized state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z2e

タイトル

Solution Structure of Bacillus subtilis ArsC in oxidized state

要素

Arsenate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Bacillus subtilis / Arsenate Reductase / solution structure / structural genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

arsenate reductase (thioredoxin) / arsenate reductase (thioredoxin) activity / response to arsenic-containing substance / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Jin, C. / Li, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Solution Structures and Backbone Dynamics of Arsenate Reductase from Bacillus subtilis: REVERSIBLE CONFORMATIONAL SWITCH ASSOCIATED WITH ARSENATE REDUCTION
著者: Guo, X. / Li, Y. / Peng, K. / Hu, Y. / Li, C. / Xia, B. / Jin, C.

履歴

登録	2005年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z2e.cif.gz	835.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z2e.ent.gz	708.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z2dC 1jl3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hqt-3 2owa-1 5lsh-d 6goj-d 6lfh-d 3fe0-d 1loz-d 2bqf-d 5y0x-d 1b7q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arsenate reductase

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Arsenate reductase / Arsenical pump modifier 分子量: 15614.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P45947, arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNHA

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 4mM ArsC U-15N, 13C; 20mM Tris buffer; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM / pH: 6.85 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	2.1	Frank Delaglio	解析
NMRView	5	Bruce Johnson	データ解析
CYANA	1.0.6	Peter Gunter	構造決定
Amber	7	David Case	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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