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- PDB-1z0q: Aqueous Solution Structure of the Alzheimer's Disease Abeta Pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z0q
タイトルAqueous Solution Structure of the Alzheimer's Disease Abeta Peptide (1-42)
要素Alzheimer's disease amyloid
キーワードPROTEIN BINDING / amyloid beta peptide / helix-kink-helix / alzheimer's disease / 30 structures
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / axon midline choice point recognition ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of synapse structure or activity / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / astrocyte projection / Lysosome Vesicle Biogenesis / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / dendrite development / positive regulation of protein metabolic process / TRAF6 mediated NF-kB activation / signaling receptor activator activity / negative regulation of long-term synaptic potentiation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / modulation of excitatory postsynaptic potential / main axon / transition metal ion binding / The NLRP3 inflammasome / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / ECM proteoglycans / regulation of presynapse assembly / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / Notch signaling pathway / cellular response to manganese ion / clathrin-coated pit / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / protein serine/threonine kinase binding / response to interleukin-1 / platelet alpha granule lumen / cellular response to copper ion / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / dendritic shaft / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / adult locomotory behavior / learning / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / locomotory behavior / serine-type endopeptidase inhibitor activity / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to nerve growth factor stimulus / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / recycling endosome / visual learning / response to lead ion / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endocytosis / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of translation / regulation of gene expression / early endosome membrane / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G alpha (q) signalling events / dendritic spine
類似検索 - 分子機能
Amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR
データ登録者Tomaselli, S. / Esposito, V. / Vangone, P. / van Nuland, N.A. / Bonvin, A.M. / Guerrini, R. / Tancredi, T. / Temussi, P.A. / Picone, D.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2006
タイトル: The alpha-to-beta Conformational Transition of Alzheimer's Abeta-(1-42) Peptide in Aqueous Media is Reversible: A Step by Step Conformational Analysis Suggests the Location of beta Conformation Seeding
著者: Tomaselli, S. / Esposito, V. / Vangone, P. / van Nuland, N.A. / Bonvin, A.M. / Guerrini, R. / Tancredi, T. / Temussi, P.A. / Picone, D.
履歴
登録2005年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alzheimer's disease amyloid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5201
ポリマ－4,5201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #25closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Alzheimer's disease amyloid / Amyloid beta A4 protein / Beta-APP / Beta-amyloid protein / Beta-APP42


分子量: 4520.087 Da / 分子数: 1 / 断片: Beta-peptide / 由来タイプ: 合成
詳細: the peptide was prepared by solid-phase synthesis. the sequence of the peptide is naturally found in Homo Sapiens (Human).
参照: UniProt: P05067

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY

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試料調製

詳細内容: 2mM beta peptide (TFA pretreated); 70% H2O, 30% hexafluoroisopropanol-d2
溶媒系: 70% H2O, 30% hexafluoroisopropanol-d2
試料状態圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX4001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1.5delaglio解析
DYANA1.5Guntert精密化
XwinNMR3brukercollection
NMRView5.0.4johnsonデータ解析
DYANA1.5Guntert構造決定
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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