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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yzp | |||||||||
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タイトル | Substrate-free manganese peroxidase | |||||||||
要素 | Peroxidase manganese-dependent I | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Peroxidase / heme enzyme / Mn-binding protein / Ca-binding site / glycosylation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 manganese peroxidase / manganese peroxidase activity / lignin catabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Phanerochaete chrysosporium (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Sundaramoorthy, M. / Youngs, H.L. / Gold, M.H. / Poulos, T.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Manganese Peroxidase: Substrate and Inhibitor Complexes. 著者: Sundaramoorthy, M. / Youngs, H.L. / Gold, M.H. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: The crystal structure of manganese peroxidase from Phanerochaete chrysosporium at 2.06 A resolution 著者: Sundaramoorthy, M. / Kishi, K. / Gold, M.G. / Poulos, T.L. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Crystal structures of substrate binding site mutants of manganese peroxidase 著者: Sundaramoorthy, M. / Kishi, K. / Gold, M.G. / Poulos, T.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yzp.cif.gz | 97.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yzp.ent.gz | 71.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yzp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yzp_validation.pdf.gz | 559.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1yzp_full_validation.pdf.gz | 561.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1yzp_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yzp_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/1yzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/1yzp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37482.973 Da / 分子数: 1 / 断片: Manganese peroxidase / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 参照: UniProt: Q02567, manganese peroxidase |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-MAN / |
-非ポリマー , 4種, 547分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HEM / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8K, sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月19日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→161 Å / Num. all: 44812 / Num. obs: 43385 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.043 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.68 Å / % possible all: 55 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: pdb entry 1YYD 解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: throught / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: SHELXL
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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