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万見
- PDB-1yye: Crystal structure of estrogen receptor beta complexed with way-202196 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yye
タイトルCrystal structure of estrogen receptor beta complexed with way-202196
要素
  • Estrogen receptor beta
  • STEROID RECEPTOR COACTIVATOR-1
キーワードTRANSCRIPTION / ESTROGEN RECEPTOR / ESTROGEN RECEPTOR BETA / ER-BETA / ER / ESTROGEN / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / AGONIST
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-196 / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Mewshaw, R.E. / Edsall Jr., R.J. / Yang, C. / Manas, E.S. / Xu, Z.B. / Henderson, R.A. / Keith Jr., J.C. / Harris, H.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: ERbeta ligands. 3. Exploiting two binding orientations of the 2-phenylnaphthalene scaffold to achieve ERbeta selectivity
著者: Mewshaw, R.E. / Edsall Jr., R.J. / Yang, C. / Manas, E.S. / Xu, Z.B. / Henderson, R.A. / Keith Jr., J.C. / Harris, H.A.
履歴
登録2005年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Estrogen receptor beta
C: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR-1
D: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3766
ポリマ－62,8184
非ポリマー5592
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.075, 88.504, 100.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / ER-beta


分子量: 30022.266 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9UEV6, UniProt: Q92731*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド STEROID RECEPTOR COACTIVATOR-1


分子量: 1386.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was derived from steroid receptor coactivator-1
#3: 化合物 ChemComp-196 / 3-(3-FLUORO-4-HYDROXYPHENYL)-7-HYDROXY-1-NAPHTHONITRILE


分子量: 279.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H10FNO2 / コメント: アゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.8
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Mg Acetate, pH7.8, EVAPORATION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月15日
放射モノクロメーター: 0.9 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→20 Å / Num. all: 30846 / Num. obs: 30401 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.98 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2910 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ours ER-beta-genistein complex structure

解像度: 2.03→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2373657.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1504 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.226 30613 --
obs0.223 30322 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.1959 Å2 / ksol: 0.37071 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20 Å20 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----0.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3732 0 42 299 4073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.332.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.03-2.160.2842525.10.2647184718
2.16-2.320.2912390.234721
2.32-2.560.3082810.2434732
2.56-2.930.2752340.2464824
2.93-3.680.3022500.234868
3.68-200.2212480.1944955
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4196.PAR196.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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