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- PDB-1yxu: Crystal Structure of Kinase Pim1 in Complex with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yxu
タイトルCrystal Structure of Kinase Pim1 in Complex with AMP
要素Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
キーワードTRANSFERASE / Ser/Thr protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardioblast proliferation / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity ...positive regulation of cardioblast proliferation / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of brown fat cell differentiation / Signaling by FLT3 fusion proteins / positive regulation of TORC1 signaling / regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of innate immune response / protein serine/threonine kinase activator activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / protein autophosphorylation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Serine/threonine-protein kinase pim-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Kumar, A. / Mandiyan, V. / Suzuki, Y. / Zhang, C. / Rice, J. / Tsai, J. / Artis, D.R. / Ibrahim, P. / Bremer, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of Proto-oncogene Kinase Pim1: A Target of Aberrant Somatic Hypermutations in Diffuse Large Cell Lymphoma.
著者: Kumar, A. / Mandiyan, V. / Suzuki, Y. / Zhang, C. / Rice, J. / Tsai, J. / Artis, D.R. / Ibrahim, P. / Bremer, R.
履歴
登録2005年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
B: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
C: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
D: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,99512
ポリマ－135,3294
非ポリマー1,6658
水6,918384
1
A: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2493
ポリマ－33,8321
非ポリマー4162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2493
ポリマ－33,8321
非ポリマー4162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2493
ポリマ－33,8321
非ポリマー4162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2493
ポリマ－33,8321
非ポリマー4162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)195.745, 195.745, 80.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 35 - 304 / Label seq-ID: 7 - 276

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1


分子量: 33832.320 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11309, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Na Acetate, Imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→72.55 Å / Num. all: 84753 / Num. obs: 84733 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5
反射 シェル解像度: 2.24→2.36 Å / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.1.25精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.852 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 4111 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.231 84753 --
obs0.228 78366 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.785 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.22 Å21.11 Å20 Å2
2--2.22 Å20 Å2
3----3.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8889 0 112 384 9385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0219252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.95712565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98319252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.09351087
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22010
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2330.29887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.25607
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0840.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2830.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4841.55434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87528806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37533818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2334.53759
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4242 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.395
2Bloose positional0.415
3Cloose positional0.345
4Dloose positional0.395
1Aloose thermal1.8710
2Bloose thermal1.1810
3Cloose thermal1.0210
4Dloose thermal1.4910
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.336 304
Rwork0.3 5750
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4355-0.21110.60322.5146-0.44834.47010.1173-0.0281-0.41680.09640.0387-0.04110.96350.2952-0.1560.18620.0601-0.04260.0262-0.04350.141710.09698.09525.692
23.0401-0.49881.15233.5935-1.01073.30140.0878-0.022-0.23410.17370.12720.0865-0.13730.4305-0.2150.2108-0.02020.16610.1083-0.04840.249518.83657.22912.905
34.030.3487-1.17412.5224-0.48052.75210.1591-0.1570.14890.04720.06930.13760.2799-0.2444-0.22850.0988-0.03650.00440.12980.00330.2854-7.53640.59239.677
42.27930.43340.24364.53980.85221.46550.0473-0.0129-0.15090.28790.0338-0.2334-0.2772-0.0713-0.08110.3186-0.0340.11920.06140.07630.2246-8.73671.77466.523
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA33 - 3055 - 277
22BB33 - 3055 - 277
33CC34 - 3056 - 277
44DD33 - 3055 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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