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万見
- PDB-1ywh: crystal structure of urokinase plasminogen activator receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ywh
タイトルcrystal structure of urokinase plasminogen activator receptor
要素
  • Urokinase plasminogen activator surface receptor
  • antagonist peptide
キーワードHYDROLASE RECEPTOR / uPAR / three-finger fold / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / positive regulation of DNA binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of proteolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / cell projection / positive regulation of protein phosphorylation / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / endoplasmic reticulum lumen / protein domain specific binding / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase plasminogen activator surface receptor / Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Llinas, P. / Le Du, M.H. / Gardsvoll, H. / Dano, K. / Ploug, M. / Gilquin, B. / Stura, E.A. / Menez, A.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the human urokinase plasminogen activator receptor bound to an antagonist peptide
著者: Llinas, P. / Le Du, M.H. / Gardsvoll, H. / Dano, K. / Ploug, M. / Gilquin, B. / Stura, E.A. / Menez, A.
履歴
登録2005年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase plasminogen activator surface receptor
B: antagonist peptide
C: Urokinase plasminogen activator surface receptor
D: antagonist peptide
E: Urokinase plasminogen activator surface receptor
F: antagonist peptide
G: Urokinase plasminogen activator surface receptor
H: antagonist peptide
I: Urokinase plasminogen activator surface receptor
J: antagonist peptide
K: Urokinase plasminogen activator surface receptor
L: antagonist peptide
M: Urokinase plasminogen activator surface receptor
N: antagonist peptide
O: Urokinase plasminogen activator surface receptor
P: antagonist peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,70866
ポリマ－290,54416
非ポリマー14,16450
水13,493749
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49430 Å2
ΔGint-331 kcal/mol
Surface area102640 Å2
手法PISA
2
A: Urokinase plasminogen activator surface receptor
B: antagonist peptide
C: Urokinase plasminogen activator surface receptor
D: antagonist peptide
E: Urokinase plasminogen activator surface receptor
F: antagonist peptide
G: Urokinase plasminogen activator surface receptor
H: antagonist peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,45335
ポリマ－145,2728
非ポリマー6,18127
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
I: Urokinase plasminogen activator surface receptor
J: antagonist peptide
K: Urokinase plasminogen activator surface receptor
L: antagonist peptide
M: Urokinase plasminogen activator surface receptor
N: antagonist peptide
O: Urokinase plasminogen activator surface receptor
P: antagonist peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,25431
ポリマ－145,2728
非ポリマー7,98223
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.928, 136.831, 140.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

#1: タンパク質
Urokinase plasminogen activator surface receptor / uPAR / U- PAR / Monocyte activation antigen Mo3 / CD87 antigen


分子量: 34687.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAUR, MO3, UPAR / プラスミド: pMTC-suPAR
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9UMV0, UniProt: Q03405*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
antagonist peptide


分子量: 1630.884 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成

-
糖 , 5種, 29分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-D-6-deoxy-Altp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-D-6-deoxy-Altp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 770分子

#8: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月12日
放射モノクロメーター: Toroidal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→24.85 Å / Num. obs: 110121 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 24.952 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: OMIT MAPs / σ(F): 0 / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31526 5335 5 %RANDOM
Rwork0.24524 ---
all0.24876 106866 --
obs0.24876 101531 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.796 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20.12 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16900 0 903 749 18552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02118234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6342.0124710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.87652161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62524.477822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.192152978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.17615119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.27785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.211892
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.511031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94217351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32737792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1884.57359
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 375 -
Rwork0.291 7572 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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