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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yst | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE PHOTOCHEMICAL REACTION CENTER OF A SPHEROIDENE CONTAINING PURPLE BACTERIUM, RHODOBACTER SPHAEROIDES Y, AT 3 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | (PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ...) x 3 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Arnoux, B. / Gaucher, J.F. / Ducruix, A. / Reiss-Husson, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the photochemical reaction centre of a spheroidene-containing purple-bacterium, Rhodobacter sphaeroides Y, at 3 A resolution. 著者: Arnoux, B. / Gaucher, J.F. / Ducruix, A. / Reiss-Husson, F. #1: ![]() タイトル: Primary Characterization by X-Ray Diffraction of Crystals of Photochemical Reaction Centers from Wild-Type Rhodopseudomonas Spheroides 著者: Ducruix, A. / Reiss-Husson, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 810.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 929 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ... , 3種, 3分子 LMH
#1: タンパク質 | 分子量: 30623.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34189.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS |
-非ポリマー , 5種, 10分子 ![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MN / | #8: 化合物 | ChemComp-SPO / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / pH: 8 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | Num. obs: 24200 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 0 |
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反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.138 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→7 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→7 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS
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