[日本語] English
万見
- PDB-1yso: YEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE WITH THE REDUCED BRIDGE BROKEN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yso
タイトルYEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE WITH THE REDUCED BRIDGE BROKEN
要素YEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (SUPEROXIDE ACCEPTOR) / COPPER / ZINC
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, oxygen as acceptor / superoxide dismutase complex / protein maturation by copper ion transfer / negative regulation of cellular respiration / fungal-type cell wall organization / Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / intracellular zinc ion homeostasis / cellular detoxification / superoxide metabolic process ...oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, oxygen as acceptor / superoxide dismutase complex / protein maturation by copper ion transfer / negative regulation of cellular respiration / fungal-type cell wall organization / Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / intracellular zinc ion homeostasis / cellular detoxification / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / intracellular copper ion homeostasis / removal of superoxide radicals / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / protein stabilization / copper ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Parge, H.E. / Crane, B.R. / Tsang, J. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Unusual trigonal-planar copper configuration revealed in the atomic structure of yeast copper-zinc superoxide dismutase.
著者: Ogihara, N.L. / Parge, H.E. / Hart, P.J. / Weiss, M.S. / Goto, J.J. / Crane, B.R. / Tsang, J. / Slater, K. / Roe, J.A. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D. / Tainer, J.A.
履歴
登録1995年12月21日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月21日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: YEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8723
ポリマ－15,7431
非ポリマー1292
水2,252125
1
A: YEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子

A: YEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7456
ポリマ－31,4872
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.330, 119.330, 75.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-278-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 YEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / YEAST CU / ZN SOD


分子量: 15743.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: REDUCED CUI BRIDGE BROKEN / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: P00445, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMphosphate1drop
22.0-2.3 Mammonium sulfate1reservoir
350 mMTris-HCl1reservoir
450 mM1reservoirNaCl
50.001 %(w/v)1reservoirNaN3

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→44 Å / Num. obs: 20002 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射
*PLUS
Num. measured all: 102086
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.73 Å / 最低解像度: 1.8 Å / % possible obs: 40.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.73→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.182 -
obs0.182 17682
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 2 125 1233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る