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- PDB-1ysj: Crystal Structure of Bacillus Subtilis YXEP Protein (APC1829), a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ysj
タイトルCrystal Structure of Bacillus Subtilis YXEP Protein (APC1829), a Dinuclear Metal Binding Peptidase from M20 Family
要素protein yxeP
キーワードHYDROLASE / M20 family Peptidase / Dinuclear Metal Binding / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Amidohydrolase / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits ...Amidohydrolase / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-acetylcysteine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Bacillus Subtilis YXEP Protein, a Dinuclear Metal Binding Peptidase from M20 Family
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Collart, F.R. / Anderson, W.F.
履歴
登録2005年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein yxeP
B: protein yxeP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9196
ポリマ－89,6842
非ポリマー2354
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area29030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.854, 42.157, 75.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.713, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer generated from chains A and B

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要素

#1: タンパク質 protein yxeP


分子量: 44841.969 Da / 分子数: 2 / 変異: A54G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yxeP / プラスミド: PMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: P54955, N-acyl-aliphatic-L-amino acid amidohydrolase
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.25M NaCl, 0.1M MES, 25% PEG 1000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 28357 / Num. obs: 28357 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2508 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASERV. 1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1xmb

1xmb


解像度: 2.4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 16.064 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.687 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24709 1427 5.1 %RANDOM
Rwork0.18173 ---
obs0.18501 26357 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.265 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å2-0.6 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5539 0 4 312 5855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9141.9427827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8655730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84524.532278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40515963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8441538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1720.22875
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.23971
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0270.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.10.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2931.53727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72125813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.07632291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6914.52014
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 106 -
Rwork0.22 1746 -
obs--89.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5323-0.17560.20361.792-0.73133.4984-0.0051-0.37030.080.15740.0743-0.1058-0.29230.0742-0.0692-0.185-0.0090.0165-0.2007-0.0047-0.137234.30117.815848.725
27.721-0.61614.59910.9492-1.06743.28460.36980.1726-0.6131-0.1675-0.05680.12950.2041-0.1933-0.313-0.06570.04860.00870.14890.01430.06393.1546-2.079935.6546
33.0135-1.15251.11273.0323-0.68621.68610.0423-0.0081-0.2676-0.32070.0242-0.01350.1458-0.0323-0.0664-0.0845-0.02250.0175-0.175-0.0162-0.1424-22.49342.9061-8.8501
44.1698-0.12336.15970.9266-0.85159.5848-0.29990.18160.30010.2264-0.0429-0.1244-0.69040.29160.34280.13180.0128-0.00960.1959-0.0314-0.0541-10.331413.342121.958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 17126 - 195
2X-RAY DIFFRACTION1AA298 - 379322 - 403
3X-RAY DIFFRACTION2AA172 - 297196 - 321
4X-RAY DIFFRACTION3BB3 - 17127 - 195
5X-RAY DIFFRACTION3BB298 - 379322 - 403
6X-RAY DIFFRACTION4BB172 - 297196 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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