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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yrg | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF RNA1P: A NEW FOLD FOR A GTPASE-ACTIVATING PROTEIN | ||||||
![]() | GTPASE-ACTIVATING PROTEIN RNA1_SCHPO | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / GTPASE-ACTIVATING PROTEIN / GAP / RNA1P / RANGAP / LRR / LEUCINE-RICH REPEAT PROTEIN / TWINNING / HEMIHEDRAL TWINNING / MEROHEDRAL TWINNING / MEROHEDRY | ||||||
機能・相同性 | ![]() SUMOylation of nuclear envelope proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / protein export from nucleus / nuclear periphery / GTPase activator activity / small GTPase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hillig, R.C. / Renault, L. / Vetter, I.R. / Drell, T. / Wittinghofer, A. / Becker, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of rna1p: a new fold for a GTPase-activating protein. 著者: Hillig, R.C. / Renault, L. / Vetter, I.R. / Drell 4th, T. / Wittinghofer, A. / Becker, J. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: RNA1 encodes a GTPase-activating protein specific for Gsp1p, the Ran/TC4 homologue of Saccharomyces cerevisiae. 著者: Becker, J. / Melchior, F. / Gerke, V. / Bischoff, F.R. / Ponstingl, H. / Wittinghofer, A. #2: ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 1993 タイトル: A functional homologue of the RNA1 gene product in Schizosaccharomyces pombe: purification, biochemical characterization, and identification of a leucine-rich repeat motif. 著者: Melchior, F. / Weber, K. / Gerke, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99602, 0.08914, 0.00232), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43141.461 Da / 分子数: 2 / 変異: SER2ALA / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: SELENOMETHIONINE MUTANT EXPRESSED IN E.COLI B834 / プラスミド: PET3D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE ELEVEN LEUCINE-RICH REPEATS (LRR) OF S.POMBE RNA1P: LRR1(2-32), LRR2(33-60), LRR3(61-94), ...THE ELEVEN LEUCINE-RICH REPEATS (LRR) OF S.POMBE RNA1P: LRR1(2-32), LRR2(33-60), LRR3(61-94), LRR4(95-122), LRR5 (123-159), LRR6(160-187), LRR7(188-216), LRR8(217-244), LRR9(245-274),LRR10(275-303),LRR11(304-333). | 配列の詳細 | MET1 CLEAVED OFF; MUTATION SER2ALA DUE TO EXPRESSION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % 解説: DATA SHOWED HEMIHEDRAL TWINNING. INTENSITIES WERE DE-TEWINNED FOR STRUCTURE DETERMINATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: HANGING DROPS MADE FROM 2-4 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION (25 MG/ML RNA1P IN 0.02 M TRIS-HCL, 0.002 M DTE, PH 7.5) AND THE SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (21-24% PEG 2000 MME, 0.1 M TRIS- ...詳細: HANGING DROPS MADE FROM 2-4 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION (25 MG/ML RNA1P IN 0.02 M TRIS-HCL, 0.002 M DTE, PH 7.5) AND THE SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (21-24% PEG 2000 MME, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M LI2SO4, 0.02 M MGCL2, PH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.64→20 Å / Num. obs: 24708 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rsym value: 8.4 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.64→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 19.6 / % possible all: 58.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 58.9 % / Rmerge(I) obs: 0.196 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: REFINEMENT TARGET: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.03 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.66→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.373 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.299 |