+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ypr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (YEAST) PROFILIN | ||||||
要素 | PROFILIN | ||||||
キーワード | ACTIN-BINDING PROTEIN / PROFILIN / CYTOSKELETON | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of formin-nucleated actin cable assembly / mitotic actomyosin contractile ring assembly / sequestering of actin monomers / proline-rich region binding / actin monomer binding / intracellular transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cell cortex / cytoskeleton / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Eads, J.C. / Mahoney, N.M. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structure determination and characterization of Saccharomyces cerevisiae profilin 著者: Eads, J.C. / Mahoney, N.M. / Vorobiev, S. / Haarer, B.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ypr.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ypr.ent.gz | 43.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ypr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ypr_validation.pdf.gz | 374.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ypr_full_validation.pdf.gz | 377.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ypr_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ypr_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/1ypr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/1ypr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.427531, 0.806755, -0.407876), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13559.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07274 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 1.0 M LI SULFATE, 0.1 M TRIS, PH 8.5, 0.01M NICL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→99 Å / Num. obs: 12068 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 10.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Rsym value: 0.213 / % possible all: 77.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 77.5 % / Rmerge(I) obs: 0.213 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ACANTHAMOEBA PROFILIN P1 解像度: 2.3→25 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS, IN EARLY STAGES OF REFINEMENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.286 |