+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yoz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Predicted coding region AF0941 from Archaeoglobus fulgidus | ||||||
要素 | Hypothetical protein AF0941 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / AF0941 / APC5573 / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI | ||||||
機能・相同性 | AF0941-like / Uncharacterised domain AF0941 / AF0941-like superfamily / AF0941-like / Hypothetical protein af0941 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein AF_0941 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lunin, V.V. / Zhang, R. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of predicted coding region AF0941 from Archaeoglobus fulgidus 著者: Lunin, V.V. / Botchkareva, E. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yoz.cif.gz | 62.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1yoz.ent.gz | 47.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yoz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yoz_validation.pdf.gz | 431.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1yoz_full_validation.pdf.gz | 435.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1yoz_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yoz_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/1yoz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/1yoz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13789.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: MODIFIED PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O29321 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.5M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.97946 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→63 Å / Num. all: 17895 / Num. obs: 17895 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 56.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→62.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 5.723 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.995 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→62.75 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
|