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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ynf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of N-Succinylarginine Dihydrolase, AstB, bound to Substrate and Product, an Enzyme from the Arginine Catabolic Pathway of Escherichia coli | ||||||
![]() | Succinylarginine dihydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Succinylarginine / Dihydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-succinylarginine dihydrolase / N-succinylarginine dihydrolase activity / arginine catabolic process to succinate / arginine catabolic process to glutamate / arginine catabolic process / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tocilj, A. / Schrag, J.D. / Li, Y. / Schneider, B.L. / Reitzer, L. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of N-succinylarginine dihydrolase AstB, bound to substrate and product, an enzyme from the arginine catabolic pathway of Escherichia coli. 著者: Tocilj, A. / Schrag, J.D. / Li, Y. / Schneider, B.L. / Reitzer, L. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 521.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 442.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 491.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 537 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 103.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 147.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50977.617 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PEG 10000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→27.32 Å / Num. all: 136811 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Limit h max: 24 / Limit h min: -24 / Limit k max: 48 / Limit k min: -24 / Limit l max: 63 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2459405.3 / Observed criterion F min: 48.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 44.6528 Å2 / ksol: 0.356305 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.42 Å2 / Biso mean: 26.1 Å2 / Biso min: 3.43 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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