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万見
- PDB-1yiw: X-ray Crystal Structure of a Chemically Synthesized Ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yiw
タイトルX-ray Crystal Structure of a Chemically Synthesized Ubiquitin
要素Ubiquitin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily ...Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Polyubiquitin
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Bang, D. / Makhatadze, G.I. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2005
タイトル: X-ray Crystal Structure of a Chemically Synthesized [D-Gln35]Ubiquitin
著者: Bang, D. / Makhatadze, G.I. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.
履歴
登録2005年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark ...database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 600HETEROGEN CD90, CL91-93, HOH 94-97 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A, B, C. LIGANDS 101-124 ARE ...HETEROGEN CD90, CL91-93, HOH 94-97 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A, B, C. LIGANDS 101-124 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. LIGANDS 201-229 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B. LIGANDS 301-328 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN C.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin
B: Ubiquitin
C: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,69423
ポリマ－25,6763
非ポリマー2,01720
水4,035224
1
A: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3819
ポリマ－8,5591
非ポリマー8228
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2698
ポリマ－8,5591
非ポリマー7107
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0446
ポリマ－8,5591
非ポリマー4855
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
5
B: Ubiquitin
ヘテロ分子

A: Ubiquitin
ヘテロ分子

C: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,69423
ポリマ－25,6763
非ポリマー2,01720
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+3/2,-y,z-1/21
crystal symmetry operation2_664-x+3/2,-y+1,z-1/21
Buried area4160 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area11210 Å2
手法PISA
6
A: Ubiquitin
ヘテロ分子

B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,65017
ポリマ－17,1182
非ポリマー1,53215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+3/2,-y,z+1/21
Buried area2050 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area7830 Å2
手法PISA
7
C: Ubiquitin
ヘテロ分子

A: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,42515
ポリマ－17,1182
非ポリマー1,30713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.776, 50.476, 92.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8558.793 Da / 分子数: 3 / 変異: M1L / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this protein naturally exists in Homo sapiens (human).
参照: GenBank: 15928840, UniProt: Q9PST8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CdCl2, PEG MME 2000 (w/v) , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→20 Å / Num. all: 42005 / Num. obs: 27173 / % possible obs: 64.69 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.39→1.55 Å / % possible all: 19.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.067 / SU ML: 0.039 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20702 1377 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.1728 42005 --
obs0.17282 25796 64.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.358 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1719 0 20 224 1963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.9862351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.70333890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6185213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67326.4178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.50615354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.743158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.21590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2959
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2580.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3740.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2540.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6691.51430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0421.5441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86521762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4223782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3364.5589
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.427 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.452 15
Rwork0.259 142
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1917-0.08470.03710.5871-0.10980.53920.0018-0.0258-0.0143-0.00320.010.0079-0.00710.0021-0.0118-0.0145-0.00180.0058-0.0051-0.0008-0.009133.14232.435810.9177
20.48960.048-0.06940.5292-0.09070.8093-0.010.02840.019-0.00360.0060.0060.02-0.00360.0039-0.0175-0.0006-0.0028-0.01050.0017-0.013533.18178.4131-14.4866
30.35670.09080.08850.69760.13610.5552-0.0117-0.02950.00710.00960.00750.0177-0.01490.02990.0042-0.012700.0045-0.0091-0.0024-0.01332.788127.56274.4837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 711 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 711 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 741 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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