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万見
- PDB-1yir: Crystal Structure of a Nicotinate Phosphoribosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yir
タイトルCrystal Structure of a Nicotinate Phosphoribosyltransferase
要素Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / Structural genomics / Protein structure initiative / Hypothetical protein / NYSGXRC / T1804 / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process via the salvage pathway / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase family / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Nicotinate Phosphoribosyltransferase
著者: Seetharaman, J. / Swaminathan, S.
履歴
登録2005年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
B: Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
C: Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
D: Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,01216
ポリマ－187,8594
非ポリマー1,15312
水12,899716
1
A: Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2534
ポリマ－46,9651
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2534
ポリマ－46,9651
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2534
ポリマ－46,9651
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nicotinate phosphoribosyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2534
ポリマ－46,9651
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)222.599, 113.355, 93.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Nicotinate phosphoribosyltransferase 2 / NAPRTase 2


分子量: 46964.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pncB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW26, EC: 2.4.2.11
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium Sulphate, PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979, 0.97938, 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979381
30.951
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 129962 / Num. obs: 129962 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2→2.18 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→48.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 219957.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The atoms listed in remark 470 are missing due to lack of electron density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 12336 10 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 123291 94.2 %-
all-123291 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.0647 Å2 / ksol: 0.355384 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.83 Å20 Å2-2.87 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3---3.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12660 0 60 716 13436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 1898 10 %
Rwork0.26 17111 -
obs-12764 87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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