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- PDB-1yhu: Crystal structure of Riftia pachyptila C1 hemoglobin reveals nove... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yhu
タイトルCrystal structure of Riftia pachyptila C1 hemoglobin reveals novel assembly of 24 subunits.
要素
  • Giant hemoglobins B chain
  • hemoglobin A1 chain
  • hemoglobin B1a chain
  • hemoglobin B2 chain
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / hemoglobin / globin fold / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Globin, extracellular / : / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily ...Globin, extracellular / : / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Giant hemoglobins B chain / Hemoglobin B2 chain / Hemoglobin B1a chain / Hemoglobin A1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Riftia pachyptila (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / Plus molecular averaging / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Flores, J.F. / Fisher, C.R. / Carney, S.L. / Green, B.N. / Freytag, J.K. / Schaeffer, S.W. / Royer, W.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Sulfide binding is mediated by zinc ions discovered in the crystal structure of a hydrothermal vent tubeworm hemoglobin.
著者: Flores, J.F. / Fisher, C.R. / Carney, S.L. / Green, B.N. / Freytag, J.K. / Schaeffer, S.W. / Royer Jr, W.E.
履歴
登録2005年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年3月6日Group: Data collection
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemoglobin A1 chain
B: Giant hemoglobins B chain
C: hemoglobin B1a chain
D: hemoglobin B2 chain
E: hemoglobin A1 chain
F: Giant hemoglobins B chain
G: hemoglobin B1a chain
H: hemoglobin B2 chain
I: hemoglobin A1 chain
J: Giant hemoglobins B chain
K: hemoglobin B1a chain
L: hemoglobin B2 chain
M: hemoglobin A1 chain
N: Giant hemoglobins B chain
O: hemoglobin B1a chain
P: hemoglobin B2 chain
Q: hemoglobin A1 chain
R: Giant hemoglobins B chain
S: hemoglobin B1a chain
T: hemoglobin B2 chain
U: hemoglobin A1 chain
V: Giant hemoglobins B chain
W: hemoglobin B1a chain
X: hemoglobin B2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)396,75484
ポリマ－380,40524
非ポリマー16,34960
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)195.840, 195.840, 308.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細24mer assembled with D3 symmetry relating A1A2B1B2 tetramer. One entire assembly is present in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 4種, 24分子 AEIMQUBFJNRVCGKOSWDHLPTX

#1: タンパク質
hemoglobin A1 chain


分子量: 15795.024 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Riftia pachyptila (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q8IFK4
#2: タンパク質
Giant hemoglobins B chain


分子量: 16158.232 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Riftia pachyptila (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P80592
#3: タンパク質
hemoglobin B1a chain


分子量: 15285.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Riftia pachyptila (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q8IFK2
#4: タンパク質
hemoglobin B2 chain


分子量: 16162.318 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Riftia pachyptila (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q8IFJ9

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非ポリマー , 3種, 60分子

#5: 化合物...
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物...
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 0.1M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 104444 / Num. obs: 104444 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Plus molecular averaging / 解像度: 3.15→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2707 5014 Random
Rwork0.2433 --
all0.2433 104444 -
obs0.2433 104444 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26712 0 1092 0 27804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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