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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yhu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Riftia pachyptila C1 hemoglobin reveals novel assembly of 24 subunits. | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / hemoglobin / globin fold / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Riftia pachyptila (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Plus molecular averaging / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Flores, J.F. / Fisher, C.R. / Carney, S.L. / Green, B.N. / Freytag, J.K. / Schaeffer, S.W. / Royer, W.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005 タイトル: Sulfide binding is mediated by zinc ions discovered in the crystal structure of a hydrothermal vent tubeworm hemoglobin. 著者: Flores, J.F. / Fisher, C.R. / Carney, S.L. / Green, B.N. / Freytag, J.K. / Schaeffer, S.W. / Royer Jr, W.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yhu.cif.gz | 624.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yhu.ent.gz | 543.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yhu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yhu_validation.pdf.gz | 6.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1yhu_full_validation.pdf.gz | 6.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1yhu_validation.xml.gz | 141.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yhu_validation.cif.gz | 176.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yhu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | 24mer assembled with D3 symmetry relating A1A2B1B2 tetramer. One entire assembly is present in the asymmetric unit. |
-要素
-タンパク質 , 4種, 24分子 AEIMQUBFJNRVCGKOSWDHLPTX
#1: タンパク質 | 分子量: 15795.024 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Riftia pachyptila (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q8IFK4 #2: タンパク質 | 分子量: 16158.232 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Riftia pachyptila (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P80592 #3: タンパク質 | 分子量: 15285.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Riftia pachyptila (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q8IFK2 #4: タンパク質 | 分子量: 16162.318 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Riftia pachyptila (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q8IFJ9 |
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-非ポリマー , 3種, 60分子
#5: 化合物 | ChemComp-HEM / #6: 化合物 | ChemComp-OXY / #7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 0.1M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 104444 / Num. obs: 104444 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Plus molecular averaging / 解像度: 3.15→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→50 Å
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