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万見
- PDB-1yhp: Solution Structure of Ca2+-free DdCAD-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yhp
タイトルSolution Structure of Ca2+-free DdCAD-1
要素Calcium-dependent cell adhesion molecule-1
キーワードCELL ADHESION / DdCAD-1 / Calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


sorocarp morphogenesis / contractile vacuole / sorocarp development / response to curcumin / aggregation involved in sorocarp development / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / biological process involved in interaction with symbiont / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / endocytic vesicle / phagocytic vesicle ...sorocarp morphogenesis / contractile vacuole / sorocarp development / response to curcumin / aggregation involved in sorocarp development / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / biological process involved in interaction with symbiont / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / endocytic vesicle / phagocytic vesicle / ruffle / extracellular matrix / lipid droplet / filopodium / cell-cell junction / lamellipodium / regulation of gene expression / cell cortex / defense response to Gram-negative bacterium / calmodulin binding / external side of plasma membrane / calcium ion binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium-dependent cell adhesion molecule-1 / : / Calcium-dependent cell adhesion molecule 1, membrane-binding domain / Calcium-dependent cell adhesion molecule, C-terminal domain superfamily / Membrane binding / Calcium-dependent cell adhesion molecule, N-terminal / Beta/Gamma crystallin / Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Gamma-crystallin-like ...Calcium-dependent cell adhesion molecule-1 / : / Calcium-dependent cell adhesion molecule 1, membrane-binding domain / Calcium-dependent cell adhesion molecule, C-terminal domain superfamily / Membrane binding / Calcium-dependent cell adhesion molecule, N-terminal / Beta/Gamma crystallin / Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Gamma-crystallin-like / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-dependent cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Lin, Z. / Huang, H.B. / Siu, C.H. / Yang, D.W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Solution structures of the adhesion molecule DdCAD-1 reveal new insights into Ca(2+)-dependent cell-cell adhesion
著者: Lin, Z. / Sriskanthadevan, S. / Huang, H.B. / Siu, C.H. / Yang, D.W.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2004
タイトル: (1)H, (13)C and (15)N resonance assignments of Ca(2+)-free DdCAD-1: a Ca(2+)-dependent cell-cell adhesion molecule
著者: Lin, Z. / Huang, H.B. / Siu, C.H. / Yang, D.W.
履歴
登録2005年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent cell adhesion molecule-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8191
ポリマ－23,8191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent cell adhesion molecule-1 / DdCAD-1 / GP24


分子量: 23818.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: cadA / プラスミド: pET-M / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P54657

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1214D 13C/15N-separated NOESY
1324D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM DdCAD-1 U-15N, 13C; 10mM PIPES buffer; 1mM EGTA, 1mM DTT, 0.05mM sodium azide, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8mM DdCAD-1 U-15N, 13C; 10mM PIPES buffer; 1mM EGTA, 1mM DTT, 0.05mM sodium azide, 99% D2O99.9% D2O
試料状態イオン強度: 10mM PIPES, 0.05mM sodium azide / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.5Peter Guntert構造決定
NMRPipe1Frank Delaglio, et al解析
NMRView5.04Johnsonデータ解析
CYANA1.0.5Peter Guntert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 4847 restraints, 4481 are NOE-derived distance constraints, 212 dihedral angle restraints,154 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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