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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yhb | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF Y41H AND Y41F MUTANTS OF GENE V PROTEIN FROM FF PHAGE SUGGEST POSSIBLE PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS IN GVP-SSDNA COMPLEX | ||||||
要素 | GENE V PROTEIN | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rolling circle single-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage f1 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Guan, Y. / Zhang, H. / Konings, R.N.H. / Hilbers, C.W. / Terwilliger, T.C. / Wang, A.H.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Crystal structures of Y41H and Y41F mutants of gene V protein from Ff phage suggest possible protein-protein interactions in the GVP-ssDNA complex. 著者: Guan, Y. / Zhang, H. / Konings, R.N. / Hilbers, C.W. / Terwilliger, T.C. / Wang, A.H. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Structure of the Gene V Protein of Bacteriophage F1 Determined by Multiwavelength X-Ray Diffraction on the Selenomethionyl Protein 著者: Skinner, M.M. / Zhang, H. / Leschnitzer, D.H. / Guan, Y. / Bellamy, H. / Sweet, R.M. / Gray, C.W. / Konings, R.N.H. / Wang, A.H.-J. / Terwilliger, T.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yhb.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yhb.ent.gz | 18.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yhb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yhb_validation.pdf.gz | 362.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1yhb_full_validation.pdf.gz | 364.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1yhb_validation.xml.gz | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yhb_validation.cif.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yhb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9683.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage f1 (ファージ) 属: Inovirus / 生物種: Enterobacteria phage M13 / 参照: UniProt: P69543 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-解析
精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.172 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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