PDB-1ydh: X-ray structure of a lysine decarboxylase-like protein from arabi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ydh

タイトル

X-ray structure of a lysine decarboxylase-like protein from arabidopsis thaliana gene at5g11950

要素

At5g11950

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / AT5G11950 / LYSINE DECARBOXYLASE-LIKE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase activity / : / cytokinin biosynthetic process / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.152 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: X-ray crystal structures of the conserved hypothetical proteins from Arabidopsis thaliana gene loci At5g11950 and AT2g37210.
著者: Jeon, W.B. / Allard, S.T.M. / Bingman, C.A. / Bitto, E. / Han, B.W. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2004年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ydh.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ydh.ent.gz	71 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ydh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ydh_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ydh_full_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示
XML形式データ	1ydh_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	1ydh_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/1ydh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/1ydh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a33C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hgj-d 4rsq-12 1p2o-4 6er2-d 1p2o-5 6tdg-1 2riw-d 3pzf-d 4rsq-4 1vis-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.19912

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: At5g11950

B: At5g11950

ヘテロ分子

48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.589, 80.427, 50.709
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-850- HOH

#1: タンパク質	At5g11950 分子量: 24239.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AT5G11950 / プラスミド: PVP-13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) P(LACI+RARE) / 参照: UniProt: Q84MC2
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 % 解説: UNMODELED DENSITY BETWEEN ASP 94A AND ILE 133B IS POSSIBLY DUE TO AN L-LYSINE MOLECULE
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 13% MPEG 2K, 0.28 M POTASSIUM NITRATE, 0.1 M MOPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.00

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794

検出器

タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月15日
詳細: SAGITALLY FOCUSING 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR: WATER COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.152→35.451 Å / Num. obs: 25771 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.384 / Χ²: 0.951 / Net I/σ(I): 6.266

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Χ²	% possible all
2.15-2.23	6.2	0.384	2.401	2460	0.657	100
2.28-2.37		0.33		2474	0.65	100
2.37-2.48		0.31		2465	0.691	100
2.48-2.61		0.258		2482	0.802	100
2.61-2.77		0.229		2468	0.939	100
2.77-2.99		0.197		2481	1.092	100
2.99-3.29		0.166		2473	1.157	100
3.29-3.76		0.142		2489	1.209	100
3.76-4.74		0.127		2500	1.163	100
4.74-50		0.119		2537	1.105	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.3 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.27 / 反射: 19977

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	20.086	0.054	5.01	SE	27.8	0.62
2	90.255	21.268	12.549	SE	24.8	0.59
3	15.68	1.684	20.177	SE	34.1	0.71
4	61.38	39.957	13.454	SE	53.3	0.67
5	24.608	3.559	19.156	SE	36.8	0.65
6	83.776	26.253	19.511	SE	23	0.5
7	92.108	28.058	16.003	SE	32.8	0.53
8	64.36	36.189	12.147	SE	32.2	0.62
9	15.635	8.523	16.537	SE	43.3	0.66
10	81.094	29.784	4.881	SE	19.2	0.45
11	99.196	33.716	3.067	SE	55.4	0.88
12	92.511	36.154	14.191	SE	32.5	0.48
13	75.88	33.897	18.398	SE	28.2	0.48
14	102.073	30.487	2.86	SE	46.5	0.66
15	90.225	17.148	24.296	SE	30.3	0.38
16	89.742	12.521	22.627	SE	50.7	0.55

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.19-30	0.39	1020
5.2-8.19	0.36	1738
4.07-5.2	0.32	2232
3.46-4.07	0.31	2614
3.06-3.46	0.3	2866
2.77-3.06	0.25	3003
2.55-2.77	0.2	3205
2.37-2.55	0.16	3299

Phasing dm

FOM : 0.66 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.67 / 反射: 19977 / Reflection acentric: 19237 / Reflection centric: 740

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.6-29.694	0.92	0.92	0.84	939	835	104
4.1-6.6	0.9	0.9	0.75	2829	2671	158
3.3-4.1	0.85	0.86	0.77	3563	3412	151
2.9-3.3	0.72	0.72	0.64	3438	3329	109
2.5-2.9	0.53	0.53	0.55	5783	5639	144
2.3-2.5	0.34	0.34	0.29	3425	3351	74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.152→35.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.212 / WR_factor R_work: 0.159 / SU B: 4.455 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.0000, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	1300	5.063 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
all	0.16164	-	-	-
obs	0.16164	25679	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.915 Å²	0 Å²	0.386 Å²
2-	-	-0.158 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.584 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.152→35.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2798	0	20	319	3137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.939	1.98	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.547	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.733	23.729	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.836	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.845	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.271	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.579	2	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.656	4	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.121	6	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.985	8	979
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.152-2.208	0.304	73	0.188	1698	1911	92.674
2.208-2.268	0.223	105	0.184	1740	1852	99.622
2.268-2.334	0.255	75	0.176	1717	1797	99.722
2.334-2.405	0.254	98	0.182	1667	1770	99.718
2.405-2.484	0.26	89	0.182	1576	1668	99.82
2.484-2.571	0.292	80	0.172	1575	1659	99.759
2.571-2.668	0.268	81	0.176	1516	1607	99.378
2.668-2.777	0.199	84	0.174	1434	1523	99.672
2.777-2.9	0.218	68	0.173	1386	1468	99.046
2.9-3.041	0.219	75	0.159	1323	1403	99.644
3.041-3.206	0.211	67	0.161	1271	1347	99.332
3.206-3.4	0.199	71	0.15	1186	1265	99.368
3.4-3.634	0.212	60	0.144	1142	1206	99.668
3.634-3.924	0.199	54	0.137	1042	1101	99.546
3.924-4.297	0.167	61	0.136	964	1025	100
4.297-4.801	0.175	40	0.13	885	925	100
4.801-5.539	0.188	37	0.144	782	819	100
5.539-6.773	0.19	34	0.18	675	709	100
6.773-9.529	0.214	30	0.165	512	542	100
9.529-66.519	0.179	18	0.177	288	320	95.625

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関連情報:EMDBヘッダ

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