PDB-1yde: Crystal Structure of Human Retinal Short-Chain Dehydrogenase/Redu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yde

タイトル

Crystal Structure of Human Retinal Short-Chain Dehydrogenase/Reductase 3

要素

Retinal dehydrogenase/reductase 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

D-threo-aldose 1-dehydrogenase / D-threo-aldose 1-dehydrogenase activity / Estrogen biosynthesis / L-fucose catabolic process / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid catabolic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Lukacik, P. / Bunkozci, G. / Kavanagh, K. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2007
タイトル: Structural and biochemical characterization of human orphan DHRS10 reveals a novel cytosolic enzyme with steroid dehydrogenase activity.
著者: Lukacik, P. / Keller, B. / Bunkoczi, G. / Kavanagh, K.L. / Kavanagh, K. / Lee, W.H. / Hwa Lee, W. / Adamski, J. / Oppermann, U.

履歴

登録	2004年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年3月14日	Group: Database references
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yde.cif.gz	706.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yde.ent.gz	584 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yde_validation.pdf.gz	498.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yde_full_validation.pdf.gz	538.1 KB	表示
XML形式データ	1yde_validation.xml.gz	74 KB	表示
CIF形式データ	1yde_validation.cif.gz	121.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/1yde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/1yde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2dtd-1 6pei-d 2dtx-1 5jsf-1 3uxy-d 1uls-2 2dte-1 4dqx-d 4xgn-1 2ag5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Retinal dehydrogenase/reductase 3

B: Retinal dehydrogenase/reductase 3

C: Retinal dehydrogenase/reductase 3

D: Retinal dehydrogenase/reductase 3

E: Retinal dehydrogenase/reductase 3

F: Retinal dehydrogenase/reductase 3

G: Retinal dehydrogenase/reductase 3

H: Retinal dehydrogenase/reductase 3

I: Retinal dehydrogenase/reductase 3

J: Retinal dehydrogenase/reductase 3

K: Retinal dehydrogenase/reductase 3

L: Retinal dehydrogenase/reductase 3

M: Retinal dehydrogenase/reductase 3

N: Retinal dehydrogenase/reductase 3

O: Retinal dehydrogenase/reductase 3

P: Retinal dehydrogenase/reductase 3

453 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Retinal dehydrogenase/reductase 3

B: Retinal dehydrogenase/reductase 3

C: Retinal dehydrogenase/reductase 3

D: Retinal dehydrogenase/reductase 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Retinal dehydrogenase/reductase 3

F: Retinal dehydrogenase/reductase 3

G: Retinal dehydrogenase/reductase 3

H: Retinal dehydrogenase/reductase 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Retinal dehydrogenase/reductase 3

J: Retinal dehydrogenase/reductase 3

K: Retinal dehydrogenase/reductase 3

L: Retinal dehydrogenase/reductase 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

M: Retinal dehydrogenase/reductase 3

N: Retinal dehydrogenase/reductase 3

O: Retinal dehydrogenase/reductase 3

P: Retinal dehydrogenase/reductase 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.115, 98.823, 167.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	TYR	TYR	A	A	4 - 253	4 - 253
2	1	GLY	GLY	TYR	TYR	C	C	4 - 253	4 - 253
3	1	GLY	GLY	TYR	TYR	E	E	4 - 253	4 - 253
4	1	ARG	ARG	GLY	GLY	G	G	6 - 252	6 - 252
5	1	TYR	TYR	TYR	TYR	I	I	7 - 253	7 - 253
6	1	GLY	GLY	TYR	TYR	K	K	4 - 253	4 - 253
7	1	LYS	LYS	TYR	TYR	M	M	10 - 253	10 - 253
8	1	TYR	TYR	TYR	TYR	O	O	7 - 253	7 - 253
1	2	GLY	GLY	SER	SER	D	D	4 - 258	4 - 258
2	2	THR	THR	ALA	ALA	B	B	3 - 257	3 - 257
3	2	GLY	GLY	ARG	ARG	F	F	4 - 259	4 - 259
4	2	THR	THR	SER	SER	H	H	5 - 258	5 - 258
5	2	GLY	GLY	SER	SER	J	J	4 - 258	4 - 258
6	2	GLY	GLY	SER	SER	L	L	4 - 258	4 - 258
7	2	LYS	LYS	ALA	ALA	N	N	10 - 257	10 - 257
8	2	ARG	ARG	ARG	ARG	P	P	6 - 259	6 - 259

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

Biological subunit is a tetramer, of which there are 4 in the ASU.

#1: タンパク質	Retinal dehydrogenase/reductase 3 分子量: 28329.393 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: retSDR3A-p11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BPX1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Magnesium Acetate, MPD, cacodylate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 176307 / Num. obs: 176307 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 17963 / R_sym value: 0.706 / % possible all: 0.648

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 17.186 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22903	3559	2 %	RANDOM
R_work	0.18067	-	-	-
all	0.18166	172629	-	-
obs	0.18166	172629	91.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.69 Å²	0 Å²	0.75 Å²
2-	-	-2.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29359	0	0	1251	30610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	29913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	28244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.979	40683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	65404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.808	5	3987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.459	24.042	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.884	15	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.4	15	217
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	4758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	33868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	5709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	6483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	28937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	14990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	18046
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.073	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.413	3	20396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.346	3	8294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.116	5	31575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.158	8	10825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.927	11	9107
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1415	tight positional	0.06	0.05
1	2	C	1415	tight positional	0.06	0.05
1	3	E	1415	tight positional	0.06	0.05
1	4	G	1415	tight positional	0.06	0.05
1	5	I	1415	tight positional	0.05	0.05
1	6	K	1415	tight positional	0.05	0.05
1	7	M	1415	tight positional	0.03	0.05
1	8	O	1415	tight positional	0.03	0.05
2	1	D	1391	tight positional	0.05	0.05
2	2	B	1391	tight positional	0.05	0.05
2	3	F	1391	tight positional	0.04	0.05
2	4	H	1391	tight positional	0.05	0.05
2	5	J	1391	tight positional	0.05	0.05
2	6	L	1391	tight positional	0.04	0.05
2	7	N	1391	tight positional	0.03	0.05
2	8	P	1391	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	2006	medium positional	0.48	0.5
1	2	C	2006	medium positional	0.39	0.5
1	3	E	2006	medium positional	0.45	0.5
1	4	G	2006	medium positional	0.4	0.5
1	5	I	2006	medium positional	0.42	0.5
1	6	K	2006	medium positional	0.44	0.5
1	7	M	2006	medium positional	0.47	0.5
1	8	O	2006	medium positional	0.44	0.5
2	1	D	1944	medium positional	0.34	0.5
2	2	B	1944	medium positional	0.43	0.5
2	3	F	1944	medium positional	0.5	0.5
2	4	H	1944	medium positional	0.45	0.5
2	5	J	1944	medium positional	0.42	0.5
2	6	L	1944	medium positional	0.46	0.5
2	7	N	1944	medium positional	0.46	0.5
2	8	P	1944	medium positional	0.45	0.5
1	1	A	1415	tight thermal	1.49	10
1	2	C	1415	tight thermal	1.59	10
1	3	E	1415	tight thermal	1.52	10
1	4	G	1415	tight thermal	1.67	10
1	5	I	1415	tight thermal	1.69	10
1	6	K	1415	tight thermal	1.51	10
1	7	M	1415	tight thermal	2.01	10
1	8	O	1415	tight thermal	2.18	10
2	1	D	1391	tight thermal	1.72	10
2	2	B	1391	tight thermal	2.19	10
2	3	F	1391	tight thermal	1.61	10
2	4	H	1391	tight thermal	1.83	10
2	5	J	1391	tight thermal	2.03	10
2	6	L	1391	tight thermal	1.85	10
2	7	N	1391	tight thermal	2.04	10
2	8	P	1391	tight thermal	1.91	10
1	1	A	2006	medium thermal	2.3	10
1	2	C	2006	medium thermal	2.34	10
1	3	E	2006	medium thermal	2.49	10
1	4	G	2006	medium thermal	2.2	10
1	5	I	2006	medium thermal	2.31	10
1	6	K	2006	medium thermal	2.41	10
1	7	M	2006	medium thermal	2.28	10
1	8	O	2006	medium thermal	2.7	10
2	1	D	1944	medium thermal	2.43	10
2	2	B	1944	medium thermal	2.67	10
2	3	F	1944	medium thermal	2.33	10
2	4	H	1944	medium thermal	2.2	10
2	5	J	1944	medium thermal	2.29	10
2	6	L	1944	medium thermal	2.53	10
2	7	N	1944	medium thermal	2.72	10
2	8	P	1944	medium thermal	2.65	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	113	-
R_work	0.265	5090	-
obs	-	-	37.09 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)