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万見
- PDB-1y9h: Methylation of cytosine at C5 in a CpG sequence context causes a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y9h
タイトルMethylation of cytosine at C5 in a CpG sequence context causes a conformational switch of a benzo[a]pyrene diol epoxide-N2-guanine adduct in DNA from a minor groove alignment to intercalation with base displacement
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*TP*(5CM)P*(BPG)P*CP*TP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / conformational switch / cytosine methylation / p53 mutation hot spot / DNA adduct / benzo[a]pyrene / BPDE
機能・相同性1,2,3-TRIHYDROXY-1,2,3,4-TETRAHYDROBENZO[A]PYRENE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation
データ登録者Zhang, N. / Lin, C. / Huang, X. / Kolbanovskiy, A. / Hingerty, B.E. / Amin, S. / Broyde, S. / Geacintov, N.E. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Methylation of cytosine at C5 in a CpG sequence context causes a conformational switch of a benzo[a]pyrene diol epoxide-N2-guanine adduct in DNA from a minor groove alignment to ...タイトル: Methylation of cytosine at C5 in a CpG sequence context causes a conformational switch of a benzo[a]pyrene diol epoxide-N2-guanine adduct in DNA from a minor groove alignment to intercalation with base displacement.
著者: Zhang, N. / Lin, C. / Huang, X. / Kolbanovskiy, A. / Hingerty, B.E. / Amin, S. / Broyde, S. / Geacintov, N.E. / Patel, D.J.
履歴
登録2004年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist
Remark 999SEQUENCE C10 atom of BP is covalently bonded to N2 atom of G6 in Chain A.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*TP*(5CM)P*(BPG)P*CP*TP*AP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0273
ポリマ－6,7222
非ポリマー3041
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 9all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1fewest violations,lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*TP*(5CM)P*(BPG)P*CP*TP*AP*CP*C)-3'


分子量: 3268.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BP ATTACHED TO G6, Methylation of C5
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3454.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-BAP / 1,2,3-TRIHYDROXY-1,2,3,4-TETRAHYDROBENZO[A]PYRENE / (7R)-7,8,9,10-テトラヒドロベンゾ[a]ピレン-7β,8α,9α-トリオ-ル


分子量: 304.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16O3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 11mer DNA duplex with MeC5 and [BP]G6 modified, H2O and D2O
溶媒系: H2O and D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 273 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with ...コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 9 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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