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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y8d | ||||||||||||||||||
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タイトル | Dimeric parallel-stranded tetraplex with 3+1 5' G-tetrad interface, single-residue chain reversal loops and GAG triad in the context of A(GGGG) pentad | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DIMERIC PARALLEL-STRANDED QUADRUPLEX / DNA APTAMER / HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR DESIGN / 3+1 G-TETRAD / SINGLE NUCLEOTIDE CHAIN REVERSAL LOOP / GAG TRIAD / (A)GGGG PENTAD | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / distance geometry; simulated annealing; molecular dynamics; matrix relaxation | ![]() Phan, A.T. / Kuryavyi, V.V. / Ma, J.-B. / Faure, A. / Andreola, M.-L. / Patel, D.J. | ![]() ![]() タイトル: An interlocked dimeric parallel-stranded DNA quadruplex: A potent inhibitor of HIV-1 integrase 著者: Phan, A.T. / Kuryavyi, V.V. / Ma, J.-B. / Faure, A. / Andreola, M.-L. / Patel, D.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 301.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 357.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5140.312 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV INTEGRASE INHIBITOR SEQUENCE / 由来タイプ: 合成 詳細: DNA aptamer obtained by SELEX of ODN inhibiting RNase H activity of HIV Reverse Transcriptase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The experiments 1H-15N HMBC, 1H-13C HMBC, 1H-13C HSQC, 1H-13C sHMBC were performed for assignments |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 90 mM KCl / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry; simulated annealing; molecular dynamics; matrix relaxation ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 1689 restraints, 283 are NOE-derived distance constraints, 3 negative restraints, 84 dihedral angle restraints,104 distance restraints from hydrogen ...詳細: the structures are based on a total of 1689 restraints, 283 are NOE-derived distance constraints, 3 negative restraints, 84 dihedral angle restraints,104 distance restraints from hydrogen bonds, 243 intensity restraints (each of five mixing times) | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations,lowest energy | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |