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- PDB-1y7q: Mammalian SCAN domain dimer is a domain-swapped homologue of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y7q
タイトルMammalian SCAN domain dimer is a domain-swapped homologue of the HIV capsid C-terminal domain
要素Zinc finger protein 174
キーワードTRANSCRIPTION / SCAN domain / retroviral capsid C-terminal domain / dimer / C2H2 zinc finger associated
機能・相同性
機能・相同性情報


fibrillar center / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin ...fibrillar center / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA breaking-rejoining enzymes fold / DNA breaking-rejoining enzymes / : / SCAN domain / SCAN domain superfamily / SCAN domain / SCAN box profile. / leucine rich region / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger ...DNA breaking-rejoining enzymes fold / DNA breaking-rejoining enzymes / : / SCAN domain / SCAN domain superfamily / SCAN domain / SCAN box profile. / leucine rich region / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 174
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing torsion angle dynamics
データ登録者Ivanov, D. / Stone, J.R. / Maki, J.L. / Collins, T. / Wagner, G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Mammalian SCAN Domain Dimer Is a Domain-Swapped Homolog of the HIV Capsid C-Terminal Domain
著者: Ivanov, D. / Stone, J.R. / Maki, J.L. / Collins, T. / Wagner, G.
履歴
登録2004年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 174
B: Zinc finger protein 174


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2532
ポリマ－23,2532
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein 174 / AW-1 / Zinc finger and SCAN domain containing protein 8


分子量: 11626.498 Da / 分子数: 2 / 断片: SCAN domain, residues 37-132 / 変異: P100E, P111L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF174, ZSCAN8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15697

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM SCAN domain, U-15N,13C25 mM Na phosphate, pH 6.5, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
22 mM SCAN domain, U-15N,2D25 mM Na phosphate, pH 6.5, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
32 mM SCAN domain, unlabeled25 mM Na phosphate, pH 6.5, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
試料状態イオン強度: 200mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.6Hermann, T.,Guntert, P., Wuthrich, K.構造決定
NMRPipe0.04Delaglio, F.解析
CYANA1.0.6Hermann, T.,Guntert, P., Wuthrich, K.精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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