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- PDB-1y5n: The crystal structure of the NarGHI mutant NarI-K86A in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y5n
タイトルThe crystal structure of the NarGHI mutant NarI-K86A in complex with pentachlorophenol
要素(Respiratory nitrate reductase 1 ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitrate reduction / membrane protein / electron transfer / Q-site
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrate reductase (quinone) / nitrate reductase complex / NarGHI complex / nitrate reductase (quinone) activity / nitrate metabolic process / nitrate reductase activity / anaerobic electron transport chain / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding ...nitrate reductase (quinone) / nitrate reductase complex / NarGHI complex / nitrate reductase (quinone) activity / nitrate metabolic process / nitrate reductase activity / anaerobic electron transport chain / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nitrate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12440 / nitrate reductase tail / nitrate reductase tail / Nitrate reductase, gamma subunit / NarG-like domain / NarG-like superfamily / : / Nitrate reductase gamma subunit / nitrate reductase domain fold / nitrate reductase domain like ...Rossmann fold - #12440 / nitrate reductase tail / nitrate reductase tail / Nitrate reductase, gamma subunit / NarG-like domain / NarG-like superfamily / : / Nitrate reductase gamma subunit / nitrate reductase domain fold / nitrate reductase domain like / Nitrate reductase, beta subunit / Respiratory nitrate reductase beta, C-terminal / Nitrate reductase beta, C-terminal domain superfamily / Respiratory nitrate reductase beta C-terminal / Nitrate reductase, alpha subunit / Nitrate reductase, alpha subunit, N-terminal / Nitrate reductase, alpha subunit, N-terminal domain superfamily / Respiratory nitrate reductase alpha N-terminal / Fumarate Reductase Cytochrome B subunit / Transmembrane di-heme cytochromes, Chain C / Nitrate reductase alpha subunit-like, MopB domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 2. / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin cofactor binding site / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 1. / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 3. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / : / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / : / Chem-AGA / FE3-S4 CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-MD1 / PENTACHLOROPHENOL / IRON/SULFUR CLUSTER / Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain / Respiratory nitrate reductase 1 beta chain / Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bertero, M.G. / Rothery, R.A. / Boroumand, N. / Palak, M. / Blasco, F. / Ginet, N. / Weiner, J.H. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Quinol Binding Site of Escherichia coli Nitrate Reductase A
著者: Bertero, M.G. / Rothery, R.A. / Boroumand, N. / Palak, M. / Blasco, F. / Ginet, N. / Weiner, J.H. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2004年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年9月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
C: Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,10116
ポリマ－224,1613
非ポリマー5,93913
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27450 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area58780 Å2
手法PISA
2
A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
C: Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain
ヘテロ分子

A: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
B: Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
C: Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,20132
ポリマ－448,3236
非ポリマー11,87826
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_354-x-2,y,-z-1/21
Buried area68550 Å2
ΔGint-626 kcal/mol
Surface area103910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.258, 241.957, 140.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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Respiratory nitrate reductase 1 ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain / NarG / Nitrate reductase A alpha subunit / Quinol-nitrate oxidoreductase alpha subunit


分子量: 140526.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: narG / プラスミド: pVA700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LCB79 / 参照: UniProt: P09152, nitrate reductase
#2: タンパク質 Respiratory nitrate reductase 1 beta chain / NarH / Nitrate reductase A beta subunit / Quinol-nitrate oxidoreductase beta subunit


分子量: 58140.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: narH / プラスミド: pVA700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LCB79 / 参照: UniProt: P11349, nitrate reductase
#3: タンパク質 Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain / NarI / Nitrate reductase A gamma subunit / Quinol-nitrate oxidoreductase gamma subunit / Cytochrome B-NR


分子量: 25494.252 Da / 分子数: 1 / Mutation: K86A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: narI / プラスミド: pVA700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LCB79 / 参照: UniProt: P11350, nitrate reductase

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非ポリマー , 9種, 67分子

#4: 化合物 ChemComp-MD1 / PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER


分子量: 740.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#5: 化合物 ChemComp-6MO / MOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#6: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#8: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#9: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#10: 化合物 ChemComp-AGA / (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE / PHOSPHATIDYL GLYCEROL


分子量: 455.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O10P
#11: 化合物 ChemComp-PCI / PENTACHLOROPHENOL / ペンタクロロフェノ-ル


分子量: 266.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6HCl5O
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: peg 3000, sodium acetate, potassium chloride, EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月28日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 73777 / Num. obs: 73777 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 54.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q16

1q16


解像度: 2.5→24.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 4525354.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 6007 8.2 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 73659 81.4 %-
all-73659 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.3991 Å2 / ksol: 0.314973 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.39 Å20 Å20 Å2
2--24.4 Å20 Å2
3----18.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15638 0 280 54 15972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 696 8.3 %
Rwork0.355 7683 -
obs--56.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2COFACT.PARAMCOFACT.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SF.PARAMLIPID.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PCP.PARAMPCP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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