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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y56 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of L-proline dehydrogenase from P.horikoshii | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / protein-protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.86 Å | ||||||
データ登録者 | Tsuge, H. / Kawakami, R. / Sakuraba, H. / Ago, H. / Miyano, M. / Aki, K. / Katunuma, N. / Ohshima, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of a novel FAD-, FMN-, and ATP-containing L-proline dehydrogenase complex from Pyrococcus horikoshii 著者: Tsuge, H. / Kawakami, R. / Sakuraba, H. / Ago, H. / Miyano, M. / Aki, K. / Katunuma, N. / Ohshima, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y56.cif.gz | 185.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y56.ent.gz | 152.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y56.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1y56_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1y56_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1y56_validation.xml.gz | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1y56_validation.cif.gz | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/1y56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/1y56 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a octamer generated by tetramer of hetero-dimer |
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55639.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RIL(DE3) / 参照: UniProt: O59088, EC: 1.5.99.8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42737.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RIL(DE3) / 参照: UniProt: Q5R1N3, UniProt: O59089*PLUS, EC: 1.5.99.8 |
-非ポリマー , 8種, 213分子
#3: 化合物 | ChemComp-FE / |
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#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#6: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#7: 化合物 | ChemComp-CXS / |
#8: 化合物 | ChemComp-CL / |
#9: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#10: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 10.5 詳細: CAPS, NaH2PO4, K2HPO4, Li2SO4, pH 10.5, EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月4日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.41 Å / Num. all: 38014 / Num. obs: 37913 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.96 Å / % possible all: 93.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.86→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 11.745 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.908 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.551 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.86→19.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.864→2.936 Å / Total num. of bins used: 20
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