PDB-1y49: Solution Structure of CCAP (Crustacean Cardioactive Peptide) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y49

タイトル

Solution Structure of CCAP (Crustacean Cardioactive Peptide) from Drosophila melanogaster

要素

Cardioactive peptide

キーワード

NEUROPEPTIDE / disulfide bond

機能・相同性

Crustacean cardioactive peptide / Arthropod cardioacceleratory peptide 2a / neuropeptide receptor binding / positive regulation of heart rate / neuropeptide signaling pathway / hormone activity / extracellular space / Cardioactive peptide

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Nagata, K. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Solution Structure of CCAP (Crustacean Cardioactive Peptide) from Drosophila melanogaster
著者: Nagata, K. / Tanokura, M.

履歴

登録	2004年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月21日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y49.cif.gz	23.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y49.ent.gz	17.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1y49_validation.pdf.gz	327.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1y49_full_validation.pdf.gz	350.6 KB	表示
XML形式データ	1y49_validation.xml.gz	3.7 KB	表示
CIF形式データ	1y49_validation.cif.gz	5.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/1y49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/1y49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dl0-d 5ojt-d 2jqs-d 2xji-4 2m6f-d 2ox2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cardioactive peptide

959 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	target function
代表モデル	モデル #5	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Cardioactive peptide / CCAP / Crustacean cardioactive peptide / Cardioacceleratory peptide 2a 分子量: 959.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in fruit flies. / 参照: UniProt: Q9VCW0

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM CCAP / 溶媒系: 50%(v/v) DMSO-d6, 50%(v/v) H2O
試料状態	pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	Varian	collection
NMRPipe	2003	Delaglio, F.	解析
NMRDraw	2003	Delaglio, F.	解析
Sparky	3.111	Goddard, T. D. and Kneller, D. G.	データ解析
DYANA	1.4	Guentert, P.	構造決定
DYANA	1.4	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 81 restraints, 75 are NOE-derived upper-bound distance restraints and 6 are upper- and lower-bound distance restraints from a disulfide bond.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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