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- PDB-1y32: NMR structure of humanin in 30% TFE solution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y32
タイトルNMR structure of humanin in 30% TFE solution
要素Humanin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Humanin / NMR solution structure / Alzheimer's disease / neuroprotection
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of interleukin-18 production / receptor antagonist activity / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of amyloid fibril formation / leukocyte chemotaxis / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of response to oxidative stress ...negative regulation of interleukin-18 production / receptor antagonist activity / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of amyloid fibril formation / leukocyte chemotaxis / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of response to oxidative stress / sperm flagellum / supramolecular fiber organization / sperm midpiece / mitochondrion organization / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / signaling receptor binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Humanin family / Humanin family
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics
データ登録者Benaki, D. / Zikos, C. / Evangelou, A. / Livaniou, E. / Vlassi, M. / Mikros, E. / Pelecanou, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2005
タイトル: Solution structure of humanin, a peptide against Alzheimer's disease-related neurotoxicity.
著者: Benaki, D. / Zikos, C. / Evangelou, A. / Livaniou, E. / Vlassi, M. / Mikros, E. / Pelecanou, M.
履歴
登録2004年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Humanin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6911
ポリマ－2,6911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Humanin


分子量: 2691.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Humanin was prepared by Fmoc-solid phase synthesis on -Cl-trityl-amidomethyl polystyrene resin. The peptide was purified to 95% with semi-preparative RP-HPLC and suitably characterized. ...詳細: Humanin was prepared by Fmoc-solid phase synthesis on -Cl-trityl-amidomethyl polystyrene resin. The peptide was purified to 95% with semi-preparative RP-HPLC and suitably characterized. Evangelou, A., Zikos, C., Livaniou, E., and Evangelatos, G.P. (2004) High-yield, solid-phase synthesis of humanin, an Alzheimer s disease associated, novel 24-mer peptide which contains a difficult sequence, J. Peptide Science 10, 631-635.
参照: UniProt: Q8IVG9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
2312D NOESY
2412D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: NMR studies of humanin were carried out in H2O/TFE-d3 7:3 solution containing 60 microM NaN3 at 280 and 298 K. The concentration of the sample was 1.7 mM and the pH of the solution was 2.7 ...内容: NMR studies of humanin were carried out in H2O/TFE-d3 7:3 solution containing 60 microM NaN3 at 280 and 298 K. The concentration of the sample was 1.7 mM and the pH of the solution was 2.7 (uncorrected for the presence of TFE).
溶媒系: H2O/TFE-d3 7:3 solution containing 60 microM NaN3
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
160 microM sodium azide 2.7ambient 298 K
260 microM sodium azide 2.7ambient 280 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Bruker解析
Sparky3Goddardデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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