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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y2i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of MCSG Target APC27401 from Shigella flexneri | ||||||
要素 | Hypothetical Protein S0862 | ||||||
キーワード | Structural Genomics / unknown function / Pentamer / Hypothetical Protein / Protein Structure Initiative / PSI / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterised protein family UPF0145, YbjQ-like / Putative heavy-metal-binding / UPF0145 domain superfamily / Hypothetical protein apc22750. Chain B / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0145 protein YbjQ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Yang, X. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of MCSG Target APC27401 from Shigella flexneri 著者: Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Yang, X. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y2i.cif.gz | 116.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y2i.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y2i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1y2i_validation.pdf.gz | 462.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1y2i_full_validation.pdf.gz | 472.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1y2i_validation.xml.gz | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1y2i_validation.cif.gz | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/1y2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/1y2i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14544.821 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌) 生物種: Shigella flexneri / 株: 2a str. 2457T / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q83LS2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, 25% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99.8 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月15日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 22849 / Num. obs: 22667 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.06 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Mean I/σ(I) obs: 16.7 / Num. unique all: 2252 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 7.398 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /
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