[日本語] English
万見
- PDB-1y07: Crystal structure of the superoxide reductase from Treponema pallidum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y07
タイトルCrystal structure of the superoxide reductase from Treponema pallidum
要素desulfoferrodoxin (rbo)
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-sheet / iron binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #10 / Class III superoxide reductase, N-terminal / SH3 type barrels. / : / SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / Desulfoferrodoxin / Other non-globular / Special ...SH3 type barrels. - #10 / Class III superoxide reductase, N-terminal / SH3 type barrels. / : / SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / Desulfoferrodoxin / Other non-globular / Special / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Desulfoferrodoxin (Rbo)
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Santos-Silva, T. / Trincao, J. / Carvalho, A.L. / Bonifacio, C. / Auchere, F. / Moura, J. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2006
タイトル: The first crystal structure of class III superoxide reductase from Treponema pallidum.
著者: Santos-Silva, T. / Trincao, J. / Carvalho, A.L. / Bonifacio, C. / Auchere, F. / Raleiras, P. / Moura, I. / Moura, J. / Romao, M.J.
履歴
登録2004年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: desulfoferrodoxin (rbo)
B: desulfoferrodoxin (rbo)
C: desulfoferrodoxin (rbo)
D: desulfoferrodoxin (rbo)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,60711
ポリマ－55,2804
非ポリマー3287
水6,413356
1
A: desulfoferrodoxin (rbo)
B: desulfoferrodoxin (rbo)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8326
ポリマ－27,6402
非ポリマー1924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
2
C: desulfoferrodoxin (rbo)
D: desulfoferrodoxin (rbo)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7765
ポリマ－27,6402
非ポリマー1363
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.311, 59.946, 65.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
desulfoferrodoxin (rbo) / Superoxide Reductase


分子量: 13819.876 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols (梅毒トレポネーマ)
生物種: Treponema pallidum / 株: subsp. pallidum str. Nichols / 遺伝子: TP0823 / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O83795, superoxide reductase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, magnesium chloride, trisHCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.739, 1.033
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7391
21.0331
反射解像度: 1.55→63.25 Å / Num. all: 53624 / Num. obs: 53059 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3751 / Rsym value: 0.177 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→63.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.065 / SU ML: 0.072 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23522 2678 5 %RANDOM
Rwork0.18183 ---
all0.189 53277 --
obs0.1845 50599 82.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20.26 Å2
2--1.66 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→63.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3724 0 7 356 4087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0213815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9465170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88638093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3285481
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.02741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2610.23914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22410
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0120.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3340.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3570.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5451.52422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26823884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.12231393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7474.51286
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.8123815
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.1122363
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.4723724
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 79 -
Rwork0.191 1651 -
obs-3751 82.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7316-1.46970.29332.0143-1.11720.8744-0.0885-0.28230.09180.19280.17110.0609-0.17460.0124-0.08260.15190.00120.02850.0879-0.04830.095711.891828.226434.6249
20.9684-0.0065-0.4370.4393-0.06552.1757-0.0542-0.0958-0.01770.0683-0.0696-0.00240.02390.02590.12370.1015-0.0101-0.00050.08-0.03670.06717.994215.295829.0488
31.56580.3660.85862.36830.54942.9042-0.0420.36790.09230.06450.05080.1998-0.1471-0.0515-0.00880.09820.0310.07260.13130.03970.1903-2.339629.219424.7989
41.9282-0.5154-0.17911.9822-1.03932.3798-0.00860.4889-0.0447-0.05250.10790.2419-0.0456-0.5629-0.09930.01910.0063-0.03060.2579-0.0340.05112.106520.53612.927
51.90530.8414-0.16550.8004-0.14410.3043-0.01530.29320.0119-0.03410.04410.04710.1234-0.0702-0.02880.11420.0158-0.01630.09570.02380.088841.089526.2528-3.6729
62.15170.5089-0.26860.58140.28921.5964-0.07490.1003-0.2505-0.06440.014-0.01510.02970.01710.06090.0854-0.01010.00870.0447-0.00470.09533.672214.253.5868
71.79730.5602-0.07390.8189-0.84831.97190.0215-0.13710.18630.101-0.05480.0616-0.12120.04710.03320.10030.0046-0.00630.0607-0.00410.115352.509729.85774.9815
84.24630.9846-0.24981.1159-0.36510.36240.1987-0.86260.01340.094-0.2338-0.1017-0.03130.20410.03510.0481-0.0554-0.01850.20850.01740.022649.253922.140418.7077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 493 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2AA50 - 12850 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3BB3 - 493 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4BB50 - 12850 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5CC3 - 493 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6CC50 - 12850 - 128
7X-RAY DIFFRACTION7DD3 - 493 - 49
8X-RAY DIFFRACTION8DD50 - 12850 - 128

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る