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- PDB-1xwl: BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (NEWLY IDENTIFIED STRAIN AS YET UNNAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xwl
タイトルBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (NEWLY IDENTIFIED STRAIN AS YET UNNAMED) DNA POLYMERASE FRAGMENT
要素DNA POLYMERASE I
キーワードDNA REPLICATION / BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS DNA POLYMERASE / BF THERMOPHILUS POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Mao, C. / Beese, L.S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a thermostable Bacillus DNA polymerase I large fragment at 2.1 A resolution.
著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Hansen, C.J. / Basehore, S.L. / Hogrefe, H.H. / Braman, J.C. / Beese, L.S.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Visualizing DNA Replication in a Catalytically Active Bacillus DNA Polymerase Crystal
著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Braman, J.C. / Beese, L.S.
履歴
登録1998年7月22日処理サイト: BNL
置き換え1999年1月13日ID: 1BDP
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3653
ポリマ－66,1731
非ポリマー1922
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.106, 93.868, 104.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE I / BF


分子量: 66172.844 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 297-876 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / 遺伝子 (発現宿主): BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52026, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BACILLUS FRAGMENT (BF) IS THE C-TERMINAL 592 AMINO ACIDS OF THE WILD TYPE BACILLUS DNA POLYMERASE. ...BACILLUS FRAGMENT (BF) IS THE C-TERMINAL 592 AMINO ACIDS OF THE WILD TYPE BACILLUS DNA POLYMERASE. THIS POLYMERASE RETAINS POLYMERASE ACTIVITY BUT LACKS ALL EXONUCLEASE ACTIVITY. BF IS A THERMOSTABLE ENZYME AND HAS AN OPTIMAL TEMPERATURE FOR ACTIVITY OF 65 DEGREES CELSIUS. THE PROTEIN IS HOMOLOGOUS TO ESCHERICHIA COLI DNA POLYMERASE I AND THERMUS AQUATICUS (TAQ) DNA POLYMERASE. THE SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS OF THE ENZYME HAVE BEEN ASSIGNED USING THE KABSCH AND SANDER ALGORITHM ENCODED IN PROCHECK AND THEN WERE NAMED TO BE CONSISTENT WITH THE STRUCTURE OF THE KLENOW FRAGMENT (KF) OF ESCHERICHIA COLI DNA POLYMERASE I. IN THE FOLLOWING TOPOLOGY ASSIGNMENT, HELICES ARE INDICATED AS CAPITAL LETTERS AND SHEETS ARE REPRESENTED BY NUMBERS. THE RESIDUE RANGE COVERED BY THE SECONDARY STRUCTURE ELEMENT IS SHOWN IN PARENTHESES. LETTERS AND NUMBERS FOLLOWING THE INITIAL LETTERS INDICATE ELEMENTS FOUND IN THE REFINED KF STRUCTURES OR ONLY IN THIS STRUCTURE. VESTIGIAL EXONUCLEASE DOMAIN: 1 (302 - 304), A (308 - 312), 2 (314 - 321), 3 (334 - 339), 4 (342 - 346), A1 (347 - 353), B (354 - 363), 5 (367 - 370), C (372 - 382), 5A (389 - 393), D (394 - 402), E(409-416), E1 (424 - 430), F (439 - 468); POLYMERASE DOMAIN: G (470 - 477), G1 (478 - 492), 6 (493 - 495), H (496 - 522), H1 (530 - 540), H2 (557 - 565), I (568 - 588), I1 (589 - 595), 6A (600 - 602), 7 (605 - 607), 8 (617 - 619), J (622 - 626), K (633 - 638), 8A (639 - 641), 9 (646 - 655), L (656 - 667), M (668 - 677), N (680 - 691), N1 (693 - 697), O (698 - 714), O1 (717 - 726), O2 (728 - 743), P (744 - 761), 10 (762 - 765), 11 (769 - 773), P1 (774 - 778), Q (780 - 818), 12 (823 - 828), 13 (830 - 838), R (840 - 854), 14 (863 - 869), S (871 - 876)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 63.4 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
255 %(v/v)satammonium sulfate1reservoir
3100 mMMES1reservoir
42.5-7.0 %(v/v)MPD1reservoir
50.02 %(w/v)sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 89072 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.182 / % possible all: 83.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.1 % / Rmerge(I) obs: 0.182

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ORIGINAL 1BDP COORDINATES

1bdp
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 4491 5 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 89018 89.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a-0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4654 0 10 405 5069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.951.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.582
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.052.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 663 5.1 %
Rwork0.422 12305 -
obs--78.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM_SULFATE.TXTTOP_SULFATE.TXT
X-RAY DIFFRACTION4PARAMETER.ELEMENTS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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