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万見
- PDB-1xvi: Crystal Structure of YedP, phosphatase-like domain protein from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xvi
タイトルCrystal Structure of YedP, phosphatase-like domain protein from Escherichia coli K12
要素Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
キーワードHYDROLASE / hypothetical protein / conserved protein / phophatase-like domain / predicted hydrolase / Sucrose-6F-phosphate phosphohydrolase (S6PP) / structural genomics / protein structure initiative / PSI / MCSG / midwest center for structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase activity / mannosylglycerate biosynthetic process / phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, superfamily IIB, MPGP / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold ...Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, superfamily IIB, MPGP / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, A. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of YedP, phosphatase-like domain protein from Escherichia coli K12
著者: Kim, Y. / Joachimiak, A. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A.
履歴
登録2004年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.
Remark 600HETEROGEN AUTHORS STATE THAT 1PE, PG4 and PGE are from PEG 4000.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
B: Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4908
ポリマ－61,6192
非ポリマー8716
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.783, 79.975, 75.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / MPGP / YEDP


分子量: 30809.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: k12 / 遺伝子: yedP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: P76329, mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 394分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.98016
シンクロトロンAPS 19-BM20.98032
検出器
タイプID検出器日付詳細
SBC-31CCD2004年5月30日mirrors
SBC-32CCD2004年5月30日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980161
20.980321
反射解像度: 2.26→74.33 Å / Num. all: 30945 / Num. obs: 30085 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.26→2.35 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2868 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→74.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 12.553 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24334 2964 10.1 %RANDOM
Rwork0.18388 ---
all0.19 26247 --
obs0.19 26247 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.188 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-1.26 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→74.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3724 0 54 388 4166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9655267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3035492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60424.972181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1415647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6071521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022916
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9131.52414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59323801
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86431651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.954.51452
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.25 184
Rwork0.191 1736
obs-1736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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