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- PDB-1xtg: Crystal structure of NEUROTOXIN BONT/A complexed with Synaptosoma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xtg
タイトルCrystal structure of NEUROTOXIN BONT/A complexed with Synaptosomal-associated protein 25
要素
  • NEUROTOXIN BONT/A
  • Synaptosomal-associated protein 25
キーワードTOXIN / botox / botulism / exosites
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / presynaptic dense core vesicle exocytosis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle ...Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / presynaptic dense core vesicle exocytosis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / synaptic vesicle docking / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / ribbon synapse / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / SNARE complex / SNAP receptor activity / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / syntaxin-1 binding / Other interleukin signaling / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / host cell cytosol / regulation of neuron projection development / synaptic vesicle priming / exocytosis / regulation of insulin secretion / tertiary granule membrane / transmembrane protein transporter activity / associative learning / synaptic vesicle exocytosis / voltage-gated potassium channel activity / specific granule membrane / photoreceptor inner segment / somatodendritic compartment / Regulation of insulin secretion / trans-Golgi network / locomotory behavior / metalloendopeptidase activity / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / long-term synaptic potentiation / toxin activity / growth cone / presynaptic membrane / cell cortex / chemical synaptic transmission / cytoskeleton / neuron projection / Neutrophil degranulation / lipid binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Clostridium neurotoxin, translocation ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Botulinum neurotoxin type A / Synaptosomal-associated protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Breidenbach, M.A. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Substrate recognition strategy for botulinum neurotoxin serotype A
著者: Breidenbach, M.A. / Brunger, A.T.
履歴
登録2004年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROTOXIN BONT/A
B: Synaptosomal-associated protein 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3964
ポリマ－55,2952
非ポリマー1012
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.000, 86.000, 165.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 NEUROTOXIN BONT/A


分子量: 48555.895 Da / 分子数: 1 / 断片: Light chain / 変異: E224Q, Y366F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
プラスミド: pBN3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: GenBank: 33321098, UniProt: P0DPI1*PLUS
#2: タンパク質 Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP


分子量: 6739.570 Da / 分子数: 1 / 断片: n2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAP25, SNAP / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 De3 / 参照: UniProt: P60880
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 8000, 200 mM magnesium acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンALS 8.2.11
シンクロトロンSSRL BL9-22
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年3月11日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年4月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE CRYSTAL SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DOUBLE CRYSTAL SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→76.33 Å / Num. all: 69211 / Num. obs: 68422 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.1→29.92 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.247 3419 RANDOM
Rwork0.218 --
all0.218 69211 -
obs0.218 68422 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3897 0 2 372 4271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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