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- PDB-1xsf: Solution structure of a resuscitation promoting factor domain fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xsf
タイトルSolution structure of a resuscitation promoting factor domain from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable resuscitation-promoting factor rpfB
キーワードCELL CYCLE / HYDROLASE / LYSOZYME-LIKE STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy exit of symbiont in host / positive regulation of growth rate / 加水分解酵素 / quorum sensing / regulation of cell population proliferation / hydrolase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Resuscitation-promoting factor, domain of unknown function DUF348 / G5-linked-Ubiquitin-like domain / Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / : / Transglycosylase-like domain / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Lysozyme - #10 ...Resuscitation-promoting factor, domain of unknown function DUF348 / G5-linked-Ubiquitin-like domain / Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / : / Transglycosylase-like domain / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Resuscitation-promoting factor RpfB / Resuscitation-promoting factor RpfB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics in explicit solvent
データ登録者Cohen-Gonsaud, M. / Barthe, P. / Henderson, B. / Ward, J. / Roumestand, C. / Keep, N.H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The structure of a resuscitation-promoting factor domain from Mycobacterium tuberculosis shows homology to lysozymes
著者: Cohen-Gonsaud, M. / Barthe, P. / Bagneris, C. / Henderson, B. / Ward, J. / Roumestand, C. / Keep, N.H.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2004
タイトル: Letter to the Editor: (1)H, (15)N, and (13)C chemical shift assignments of the resuscitation promoting factor domain of Rv1009 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Cohen-Gonsaud, M. / Barthe, P. / Pommier, F. / Harris, R. / Driscoll, P.C. / Keep, N.H. / Roumestand, C.
履歴
登録2004年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable resuscitation-promoting factor rpfB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3581
ポリマ－11,3581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Probable resuscitation-promoting factor rpfB


分子量: 11357.573 Da / 分子数: 1 / 断片: RPFBc DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv1009 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O05594, UniProt: P9WG29*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 15N-separated TOCSY
132HNCA
142HN(CO)CA
152CBCA(CO)NH
162HNCO
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM RpfBc domain U-15N; 25mM Na-Acetate; 2mM beta-mercaptoethanol; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5mM RpfBc domain U-15N, 13C; 25mM Na-Acetate; 2mM beta-mercaptoethanol; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 25mM Na-Acetate / pH: 4.6 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Gifa4.4Pons解析
NMRView5.0.4Johnsonデータ解析
TALOS3Cornilescuデータ解析
ARIA1.2Linge構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: molecular dynamics in explicit solvent / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1757 restraints, 1613 are NOE-derived distance constraints, 124 dihedral angle restraints, 20 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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