[日本語] English
万見
- PDB-1xrt: The Crystal Structure of a Novel, Latent Dihydroorotase from Aqui... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xrt
タイトルThe Crystal Structure of a Novel, Latent Dihydroorotase from Aquifex Aeolicus at 1.7 A Resolution
要素Dihydroorotase
キーワードHYDROLASE / Dihydroorotase / Amidohydrolase / Metalloenzyme / Pyrimidine
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoinase activity / dihydroorotase / purine nucleobase catabolic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotase / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases ...Dihydroorotase / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.609 Å
データ登録者Martin, P.D. / Purcarea, C. / Zhang, P. / Vaishnav, A. / Sadecki, S. / Guy-Evans, H.I. / Evans, D.R. / Edwards, B.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of a novel, latent dihydroorotase from Aquifex aeolicus at 1.7A resolution
著者: Martin, P.D. / Purcarea, C. / Zhang, P. / Vaishnav, A. / Sadecki, S. / Guy-Evans, H.I. / Evans, D.R. / Edwards, B.F.
履歴
登録2004年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotase
B: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8264
ポリマ－103,6952
非ポリマー1312
水22,3211239
1
A: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9132
ポリマ－51,8481
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9132
ポリマ－51,8481
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.201, 91.235, 61.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1880-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dihydroorotase / DHOase


分子量: 51847.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: pyrC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66990, dihydroorotase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ethanol, peg 400, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月28日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.609→20 Å / Num. all: 121022 / Num. obs: 95834 / % possible obs: 79.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.609→1.67 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1466 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 14.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
d*TREKデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XRF

1xrf


解像度: 1.609→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.25 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20794 4873 5.1 %RANDOM
Rwork0.16463 ---
all0.1669 121022 --
obs0.16688 90961 77.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.52 Å20 Å20.12 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---3.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.102 Å0.097 Å
Luzzati sigma a-0.071 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.609→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5699 0 2 1239 6940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0225789
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.771.9787815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925312814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1485730
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021013
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.26685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23371
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2530.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1021.53657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90725936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.19232132
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4314.51879
LS精密化 シェル解像度: 1.609→1.651 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 37
Rwork0.375 688
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40510.10650.00450.74070.05790.3014-0.0228-0.02310.03620.07390.0379-0.06480.01180.0559-0.01510.14830.0112-0.01130.1169-0.01970.005158.919.41226.525
20.6342-0.1185-0.01930.62160.16040.3092-0.01870.0112-0.02920.00840.0278-0.0679-0.00870.0484-0.00910.1438-0.00180.01790.1065-0.01320.003860.29669.8363.78
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 42246 - 467
2X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 42245 - 467

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る