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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xpn
タイトルNMR structure of P. aeruginosa protein PA1324: Northeast Structural Genomics Consortium target PaP1
要素hypothetical protein PA1324
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / b-barrel / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Carboxypeptidase regulatory-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / Molecular Dynamics, Simulated Annealing
データ登録者Cort, J.R. / Ni, S. / Lockert, E.E. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of Pseudomonas aeruginosa protein PA1324 (21-170).
著者: Mercier, K.A. / Cort, J.R. / Kennedy, M.A. / Lockert, E.E. / Ni, S. / Shortridge, M.D. / Powers, R.
履歴
登録2004年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PA1324


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4031
ポリマ－18,4031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy,structures with the fewest restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy, fewest violations, closest to the average

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PA1324


分子量: 18403.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1324 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I420

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1324D-13C,13C-HMQC-NOESY-HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM U-13C,15N PA1324, 20 mM BisTrisPropane, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM U-13C,15N PA1324, 20 mM BisTrisPropane, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 300 mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NIH-Xplor2.0.4Brunger, Clore, Kuszewski, Schwieters, Tjandra精密化
CNS1.1BRUNGER, ADAMS, CLORE, DELANO, GROS, GROSSE-KUNSTLEVE, JIANG, KUSZEWSKI, NILGES, PANNU, READ, RICE, SIMONSON, WARREN精密化
Sparky3.106T.D. Goddard, D.G. Knellerデータ解析
AutoStructure2.1.0G.T. Montelione, J.Y. Huang構造決定
TALOS2003G. Cornilescu, F. Delaglio, A. Baxデータ解析
精密化手法: Molecular Dynamics, Simulated Annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE distance restraints were determined automatically using AutoStructure (G.T. Montelione & Y.J. Huang) starting from peak-picked NOESY data and chemical shift assignments. Final refinement ...詳細: NOE distance restraints were determined automatically using AutoStructure (G.T. Montelione & Y.J. Huang) starting from peak-picked NOESY data and chemical shift assignments. Final refinement was conducted in explicit solvent with Leonard-Jones and electrostatic potentials. Residues 1-26 are unrestrained and constitute a flexible, n-terminal tail. The structure of residues 27-170 is restrained by 1861 noe distance restraints (541 intraresidue, 513 sequential, 190 medium range, and 617 long range (n>4)), 132 dihedral restraints (65 phi, 67 psi), and 70 h-bond restraints (for 35 h-bonds). Dihedral restraints were derived from Talos and HNHA. H-bond restraints were derived from analysis of amides that exchange slowly with D2O solvent together with initial structures derived from Noesy data.
代表構造選択基準: lowest energy, fewest violations, closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy,structures with the fewest restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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