PDB-1xmd: M335V mutant structure of mouse carnitine octanoyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xmd

タイトル

M335V mutant structure of mouse carnitine octanoyltransferase

要素

Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / carnitine / octanoyltransferase / hepes / mpd / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / carnitine O-octanoyltransferase / carnitine O-octanoyltransferase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carnitine metabolic process / Peroxisomal protein import / coenzyme A metabolic process / fatty acid beta-oxidation / fatty acid transport / generation of precursor metabolites and energy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Jogl, G. / Hsiao, Y.S. / Tong, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of mouse carnitine octanoyltransferase and molecular determinants of substrate selectivity.
著者: Jogl, G. / Hsiao, Y.S. / Tong, L.

履歴

登録	2004年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xmd.cif.gz	258.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xmd.ent.gz	208.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xmd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xmd_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xmd_full_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示
XML形式データ	1xmd_validation.xml.gz	48.8 KB	表示
CIF形式データ	1xmd_validation.cif.gz	69.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xmd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xl7C 1xl8C 1xmcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xl8-1 1xl7-1 2h3u-2 2h3u-1 1xl7-2 1ndf-1 1q6x-1 1q6x-2 1xmc-1 2rkd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase

B: Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase

ヘテロ分子

142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.000, 164.000, 159.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase / COT 分子量: 70325.305 Da / 分子数: 2 / 変異: M335V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crot, Cot / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B21 Star / 参照: UniProt: Q9DC50, carnitine O-octanoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 100mM Hepes, 62% v/v MPD, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 92430 / Num. obs: 92430 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 9.1 Å²
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
COMO		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→28 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Data cutoff high absF: 224967.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	6635	7.5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
all	-	92430	-	-
obs	-	88238	95.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 50.3972 Å² / k_sol: 0.364077 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.84 Å²	2.54 Å²	0 Å²
2-	-	1.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.69 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.27 Å	0.23 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.24 Å	0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9617	0	30	583	10230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.75
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.26	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.93	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.19	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.2	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.23 Å / R_factor R_free error: 0.009 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	1005	7.5 %
R_work	0.242	12401	-
obs	-	-	86.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	MPD.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	MPD.PAR
X-RAY DIFFRACTION	5	HEP.PAR	WATER.TO
X-RAY DIFFRACTION	4		HEP.TOP

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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