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万見
- PDB-1xl8: Crystal structure of mouse carnitine octanoyltransferase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xl8
タイトルCrystal structure of mouse carnitine octanoyltransferase in complex with octanoylcarnitine
要素Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / carnitine / octanoyltransferase / octanoylcarnitine
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / carnitine O-octanoyltransferase / carnitine O-octanoyltransferase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carnitine metabolic process / Peroxisomal protein import / coenzyme A metabolic process / fatty acid beta-oxidation / fatty acid transport / generation of precursor metabolites and energy ...Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / carnitine O-octanoyltransferase / carnitine O-octanoyltransferase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carnitine metabolic process / Peroxisomal protein import / coenzyme A metabolic process / fatty acid beta-oxidation / fatty acid transport / generation of precursor metabolites and energy / fatty acid metabolic process / peroxisome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Choline/Carnitine o-acyltransferase / Carnitine o-acyltransferase, N-terminal / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain ...Choline/Carnitine o-acyltransferase / Carnitine o-acyltransferase, N-terminal / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARNITINE / OCTANOYLCARNITINE / Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jogl, G. / Hsiao, Y.S. / Tong, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of mouse carnitine octanoyltransferase and molecular determinants of substrate selectivity.
著者: Jogl, G. / Hsiao, Y.S. / Tong, L.
履歴
登録2004年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase
B: Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,3519
ポリマ－142,3092
非ポリマー1,0417
水7,458414
1
A: Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3172
ポリマ－71,1551
非ポリマー1621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0347
ポリマ－71,1551
非ポリマー8796
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.610, 163.610, 159.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase / COT


分子量: 71154.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crot, Cot / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / 参照: UniProt: Q9DC50, carnitine O-octanoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-152 / CARNITINE / (3-CARBOXY-2-(R)-HYDROXY-PROPYL)-TRIMETHYL-AMMONIUM / L-カミチン


分子量: 162.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO3
#3: 化合物 ChemComp-OCB / OCTANOYLCARNITINE / 3-CARBOXY-N,N,N-TRIMETHYL-2-(OCTANOYLOXY)PROPAN-1-AMINIUM / オクタノイル-L-カルニチン


分子量: 288.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30NO4
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100mM Hepes, 62%v/vMPD, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 80628 / Num. obs: 80628 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XL7

1xl7


解像度: 2.2→29.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 224973.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 5806 7.5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 76996 95.2 %-
all-80628 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1237 Å2 / ksol: 0.341071 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.98 Å23.32 Å20 Å2
2--1.98 Å20 Å2
3----3.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9633 0 31 454 10118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.212.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 884 7.4 %
Rwork0.255 11104 -
obs--88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMMPD.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MPD.PARCAR.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CAR.PAROCA.TOP
X-RAY DIFFRACTION5OCA.PARWATER.TO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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