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- PDB-1xku: Crystal structure of the dimeric protein core of decorin, the arc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xku
タイトルCrystal structure of the dimeric protein core of decorin, the archetypal small leucine-rich repeat proteoglycan
要素Decorin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Proteoglycan / Leucine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / CS-GAG biosynthesis / DS-GAG biosynthesis / CS/DS degradation / negative regulation of collagen fibril organization / collagen fibril binding / Degradation of the extracellular matrix / ECM proteoglycans / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / glycosaminoglycan binding ...Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / CS-GAG biosynthesis / DS-GAG biosynthesis / CS/DS degradation / negative regulation of collagen fibril organization / collagen fibril binding / Degradation of the extracellular matrix / ECM proteoglycans / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / negative regulation of endothelial cell migration / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of angiogenesis / : / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Small leucine-rich proteoglycan, class I, decorin/asporin/byglycan / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat ...Small leucine-rich proteoglycan, class I, decorin/asporin/byglycan / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Scott, P.G. / McEwan, P.A. / Dodd, C.M. / Bergmann, E.M. / Bishop, P.N. / Bella, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the dimeric protein core of decorin, the archetypal small leucine-rich repeat proteoglycan
著者: Scott, P.G. / McEwan, P.A. / Dodd, C.M. / Bergmann, E.M. / Bishop, P.N. / Bella, J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Light and X-ray scattering show decorin to be a dimer in solution
著者: Scott, P.G. / Grossmann, J.G. / Dodd, C.M. / Sheehan, J.K. / Bishop, P.N.
履歴
登録2004年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2995
ポリマ－36,5131
非ポリマー7864
水2,954164
1
A: Decorin
ヘテロ分子

A: Decorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,59710
ポリマ－73,0262
非ポリマー1,5728
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)55.780, 124.145, 129.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-803-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two-fold axis -x, y, -z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Decorin / Bone proteoglycan II / PG-S2


分子量: 36512.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: DCN / 細胞株 (発現宿主): HEK 293A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21793
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: PEG 400, TRIS, OCTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE, SODIUM AZIDE, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月25日
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→33.2 Å / Num. all: 24593 / Num. obs: 24593 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3266 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.15→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.575 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21747 1253 5.1 %RANDOM
Rwork0.18951 ---
all0.19093 24591 --
obs0.19093 24591 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----2.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.159 Å0.186 Å
Luzzati d res low-33 Å
Luzzati sigma a-0.102 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 50 164 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7191.9913352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.53932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5195304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.91725.6100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.19915442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.684159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2870.22
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0491.51587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0321.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63222481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9733990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7024.5871
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 74 -
Rwork0.244 1545 -
obs-1619 89.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65190.0091-0.22951.12940.01894.3774-0.06430.05740.01650.022-0.05760.26740.0796-0.74080.1219-0.1527-0.00070.0069-0.0084-0.0448-0.0113-11.953812.133336.2715
21.25810.29580.6583.4785-1.01473.9797-0.0568-0.1930.07460.7388-0.1487-0.2582-0.430.09830.20560.1729-0.0325-0.0327-0.0781-0.0467-0.01742.098116.086968.3309
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA22 - 20022 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2AA201 - 326201 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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