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- PDB-1xkg: Crystal structure of the major house dust mite allergen Der p 1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xkg
タイトルCrystal structure of the major house dust mite allergen Der p 1 in its pro form at 1.61 A resolution
要素Major mite fecal allergen Der p 1
キーワードHYDROLASE / Major allergen / cysteine protease / house dust mite / Dermatophagoides pteronyssinus / inactive mutant / pro peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase 1 (mite) / cysteine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTRIUM (III) ION / Peptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Meno, K. / Thorsted, P.B. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of recombinant proDer p 1, a major house dust mite proteolytic allergen.
著者: Meno, K. / Thorsted, P.B. / Ipsen, H. / Kristensen, O. / Larsen, J.N. / Spangfort, M.D. / Gajhede, M. / Lund, K.
履歴
登録2004年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major mite fecal allergen Der p 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8896
ポリマ－35,4241
非ポリマー4655
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.659, 66.557, 73.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Major mite fecal allergen Der p 1 / Der p I


分子量: 35424.148 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-320 / 変異: C114A, N132D, V204A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
遺伝子: DERP1 / プラスミド: pGAPZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33
参照: UniProt: P08176, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG-4000, ammonium sulfate, sodium acetate, glycerol, yttrium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月16日
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→40 Å / Num. all: 41503 / Num. obs: 41444 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.61→1.67 Å / Num. unique all: 3978 / Rsym value: 0.403 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YAL

1yal


解像度: 1.61→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.447 / SU ML: 0.051 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The close contact between S194 OG and L302 O could not be improved by model building, as the data enforced the reported conformations. No ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The close contact between S194 OG and L302 O could not be improved by model building, as the data enforced the reported conformations. No interpretable electron density was observed for residues 1-3, 77-81 and 307-312.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 2083 5 %RANDOM
Rwork0.153 ---
all0.154 41444 --
obs0.154 41444 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2375 0 23 312 2710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.923347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80934885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6545298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.54624.348138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49415394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.41517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.22211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21333
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3531.51922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2751.5614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46622370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72531188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7984.5977
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.611→1.653 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 148 -
Rwork0.271 2753 -
obs-2901 95.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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