+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xjo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF AMINOPEPTIDASE | ||||||
要素 | AMINOPEPTIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / AMINOPEPTIDASE / ZYMOGEN / ZINC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminopeptidase S / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Greenblatt, H.M. / Barra, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Streptomyces griseus aminopeptidase: X-ray crystallographic structure at 1.75 A resolution. 著者: Greenblatt, H.M. / Almog, O. / Maras, B. / Spungin-Bialik, A. / Barra, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996 タイトル: Aminopeptidase from S. Griseus: Primary Structure and Comparison with Other Zinc-Containing Aminopeptidases 著者: Maras, B. / Greenblatt, H.M. / Shoham, G. / Spungin-Bialik, A. / Blumberg, S. / Barra, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xjo.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1xjo.ent.gz | 51.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xjo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/1xjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/1xjo | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29766.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE ENZYME IS ISOLATED FROM THE COMMERCIALLY AVAILABLE ENZYME MIXTURE "PRONASE E" 由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 参照: UniProt: P80561, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: 16% PEG 4K, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.949 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月25日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.949 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 28606 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 244396 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.75→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: DEFAULT TNT /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: DEFAULT TNT / Bsol: 295.5 Å2 / ksol: 0.765 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|